アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

samtools tview

マッピング結果(BAMやBEDなど)を表示するビューアはいろいろありますが、最近はBroad InstituteのIGV(Integrative Genomics Viewer)が主流のようです。

おなじみsamtoolsにもtviewというCUIベースのビューアがあるのをご存知でしょうか。
今日はこのsamtoolsのビューア機能についてご紹介します。

早速起動してみましょう。

$ samtools tview BAMファイル


黒い画面が出てきました。
いきなり心が折れそうになりますが、ここで負けてはいけません。
「Shift」+「?」をタイプするとヘルプが出ます。


いろいろなスクロール方法があるようです。しかし、第一番染色体の先頭からスクロールしてマッピング箇所を探すのは、砂漠で手がかりもなしにオアシスを探すような無謀な行動です。

「g」または「?」をタイプしてみましょう。


「Go to:」の後ろにポジション(chr1:1000000など)をタイプして「Enter」をタイプすると、その場所にジャンプすることができます。


リードがありました!

塩基に色をつけることもできます。


お世辞にも使いやすいとはいえず、これで解析するのは現実的ではないと思います。
イースターエッグ的な位置づけなのでしょうか。

それでもリードが表示されるとなんだかうれしいので、samtoolsが使える環境の方は一度はお試しください。