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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

CELファイルの中身

tokunagaです。
本日はCELファイルについてお話ししたいと思います。

CELとは、AffymetrixのArrayで出力される遺伝子発現やジェノタイピングデータの含まれたファイルのフォーマットです。
CELファイルには、DATファイル(Affymetrixのスキャナーから出力されるフォーマット)のピクセル値から計算されたintensityの結果が含まれています。その他に標準偏差値、ピクセル値、外れ値のフラグ等が入っています。細かいコンテンツはArrayの種類やバージョン、使用したアルゴリズムによってそれぞれです。
これらのデータはAffimetrixが提供しているツールや、Rのパッケージを使って情報を取り出すことが可能なようです。

また中身の情報を見るだけではなく、CELファイルから様々な解析結果の図を描くことが出来るようなので、機会がありましたらその方法についてもご紹介もしたいと思います。