アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

所定のポジションの塩基を得る

突然ですが、お手元になるべく厚い本をご用意ください。その本の、
第12章の、345,678〜345,680番目に登場する文字は何でしょうか?
数えたくもないですね!

では、ヒトゲノムhg19の、
第12番染色体の345,678〜345,680番目の塩基

は何でしょうか?

こちらは、ゲノムのFastaファイルに対して以下のsamtoolsコマンドを
実行することにより、簡単に調べられます。

$ samtools faidx hg19.fa chr12:345678-345680
>chr12:345678-345680
TTC


バイオインフォマティクスって本当に便利ですね。