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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

MEDIPS

ご無沙汰しております。
tokunagaです。

ここ最近、
このような工夫を施したツールやアルゴリズムを開発しました等、
バイオインフォマティクスに関する論文が数多く出てきてますね。
全てを把握することはとてもじゃないですが難しいことです。

そこで折角なので、
実際に最近論文で報告された解析ツールを
試しに使用いたしまして、
この場で簡単にご紹介したいと思っております。

今後も使ってみたシリーズで記事書いていきたいと
密かに思ってます。

宜しくお願いいたします!

まず本日ご紹介するのは
MEDIPS

Bioconductorのサイト
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/MEDIPS.html
論文
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24227674


Methylated DNA immunoprecipitation sequencing(MeDIP-seq)の
解析ツールで、RのBioconductorのパッケージです。

MeDIP-seqはメチル化したDNA断片を5-methylcytosine (5mC)という
抗体を用いて免疫沈降させて濃縮し、シーケンシングを行うという
技術ですが、その解析に特化されているツールです。

まず、入力形式はbamファイルです。
パッケージのテストデータはヒトのES細胞で、
bowtieでマッピングしたbamファイルを使用してます。

各サンプルごとのクオリティーチェックとして、
Saturation分析、シーケンスリードカバレッジパターンが
グラフ化されます。




そしてCase Studyでは複数サンプル間でメチル化パターンが
異なる領域を同定することが出来ます。

chr start stop ID
1 chr22 19136001 19136200 ID_1
2 chr22 19753401 19753500 ID_2
3 chr22 20785001 20785200 ID_3
4 chr22 20785301 20785600 ID_4
5 chr22 24820701 24820800 ID_5
6 chr22 24890501 24891100 ID_6
7 chr22 28035101 28035200 ID_7
8 chr22 28193101 28193200 ID_8
9 chr22 28193301 28193400 ID_9
10 chr22 29707001 29707200 ID_10


今回ご紹介するのはここまでですが、
他にChIP-seqにも活用できるとも書いてありました。

また、論文では他にも色んな図を描くことができるようなので、
ご興味のある方はチェックしてみてください。