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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

遺伝子にGeneOntologyのアノテーションをつける(1)

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▲▲▲ R Advent Calendar 2013に参加させていただいております。
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Bioconductorは、バイオ解析関連のRパッケージを集めたサイトです。
750個以上(2013年12月時点)の有用なパッケージが登録されています。

複数の遺伝子の特徴の傾向を見たい時に、GeneOntologyで機能や局在を調べることがよくあります。
BioconductorのbiomaRtパッケージを使って、遺伝子にGeneOntologyのアノテーションをつけることができます。

今回は、お酒の強さに関係があるといわれる「ADH1B」「ALDH2」遺伝子に対応するGeneOntologyIDを調べてみましょう。

biomaRtパッケージをインストールします。
>source('http://bioconductor.org/biocLite.R')
>biocLite('biomaRt')


「ADH1B」「ALDH2」に対応するGeneOntologyIDを取得します。
>library(biomaRt)
>ens <- usemart="" ensembl="" dataset="hsapiens_gene_ensembl" br=""> >data <- getbm="" attributes="c('hgnc_symbol','go_id','name_1006'),<br"> +filter='hgnc_symbol', values=c('ADH1B', 'ALDH2'), mart=ens)


取得したデータを見てみましょう。
>edit(data)
 ←クリックで拡大します

予想通り、アルコール代謝に関連ありそうなGeneOntologyIDがヒットしています。

次回、これらのGeneOntologyIDがどのような関係にあるか、BioconductorのRamiGOパッケージを用いて描画してみたいと思います。

生命科学の研究に携わっているR初心者の方にRの基本的な操作方法を学んでいただく、アメリエフ・バイオインフォマティクス・スクール「R基礎」の開催日程はこちらです。