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▲▲▲ R Advent Calendar 2013に参加させていただいております。
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Bioconductorは、バイオ解析関連のRパッケージを集めたサイトです。
750個以上（2013年12月時点）の有用なパッケージが登録されています。
複数の遺伝子の特徴の傾向を見たい時に、GeneOntologyで機能や局在を調べることがよくあります。
BioconductorのbiomaRtパッケージを使って、遺伝子にGeneOntologyのアノテーションをつけることができます。
今回は、お酒の強さに関係があるといわれる「ADH1B」「ALDH2」遺伝子に対応するGeneOntologyIDを調べてみましょう。
biomaRtパッケージをインストールします。
>source('http://bioconductor.org/biocLite.R')
>biocLite('biomaRt')
「ADH1B」「ALDH2」に対応するGeneOntologyIDを取得します。
>library(biomaRt)
>ens <- usemart="" ensembl="" dataset="hsapiens_gene_ensembl" br=""> >data <- getbm="" attributes="c('hgnc_symbol','go_id','name_1006'),<br"> +filter='hgnc_symbol', values=c('ADH1B', 'ALDH2'), mart=ens)
取得したデータを見てみましょう。
>edit(data)
←クリックで拡大します
予想通り、アルコール代謝に関連ありそうなGeneOntologyIDがヒットしています。
次回、これらのGeneOntologyIDがどのような関係にあるか、BioconductorのRamiGOパッケージを用いて描画してみたいと思います。
生命科学の研究に携わっているR初心者の方にRの基本的な操作方法を学んでいただく、アメリエフ・バイオインフォマティクス・スクール「R基礎」の開催日程はこちらです。
