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遺伝子にGeneOntologyのアノテーションをつける(2)

前回はbiomaRtパッケージを使って、「ADH1B」「ALDH2」遺伝子にGeneOntologyのアノテーションをつけました。

今回は、RamiGOパッケージを使って、それらのGeneOntologyIDがどのような関係にあるか、図示してみたいと思います

RamiGOパッケージをインストールします。
>biocLite('RamiGO')

前回取得したデータから、GeneOntologyIDだけを抜き出します。
>go <- data="" 36="" go_id="" span="">

これらのGeneOntologyIDについて、GeneOntology階層中の位置を描画します。
>library(RamiGO)
>getAmigoTree(goIDs=go, color='yellow', filename='gene2go')


gene2go.png
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局在(Cellular Component)については細胞質基質やミトコンドリア マトリックス、分子機能(Molecular Function)については酸化還元、プロセス(Biological Process)についてはアルコール代謝に関係がありそうです。

このようにGeneOntologyでアノテーションをつけることによって、(例えばある病気で特異的に発現する)いくつかの遺伝子について、どのような傾向があるかを調べることができます。

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