アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

headとtail・その後

会社(神田)の近くに鰻屋さんが三軒あります。

私は大学時代のあだ名が「うなぎ女」だったくらい鰻が好きなので、
会社帰りに鰻丼をテイクアウトしたり、鰻屋の座敷で白焼きや肝串を肴に
焼酎を呑んだりして、しみじみ幸せを感じています。

発作的に鰻を食べたくなることが多いのですが、三軒もあると、
どれかが休みでも必ず鰻にありつけるという安心感があります。

headとtail の続きです。

$ samtools view -H A.bam > A2.sam $ samtools view A.bam | tail -n 100000000 >> A2.sam のようなことを実行した時、tailの行数が多いと落ちることを書きました。 この原因は分かっていないのですが、やりたかったことは以下のコマンドで 無事実行できました。
$ samtools view -H A.bam > A2.sam $ samtools view A.bam | awk 'NR>★' >> A2.sam
★:全行数-100000000 head/tailやgrepやawkは、機能がかぶるところも多々ありますが どれかが駄目でも他でいけるという安心感がありますね。