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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

新しいタキシードはいかが?

RNA-Seqを何度も実行している弊社の某社員が、先日
「bowtie、tophat、cufflinksの名前が紳士関連なのに気づいた」
と言っていたので「気づくの遅っ」と思ったのですが、
私には二十歳を過ぎてからサザエさんの登場人物名が海産物関係である
ことに気付いた知り合いもいるので、意外と固有名詞の意味は考えない
ものなのかもしれないと思いました。

bowtie(マッピング)、
tophat(スプライシングを考慮したマッピング)、
cufflinks(発現比較)、
cummeRbund(cufflinksの結果を描画するRパッケージ)
などをまとめてtuxedo suiteと呼ぶそうです。

最近monocle(single cell用のRパッケージ)というのも
公開されました。
個人的には次は「ステッキ」だろうと予想していたので
外れました。

cufflinks 2.2.0以降から、tuxedoが新しくなったそうです。


cuffnorm、cuffquantという新しいコマンドを使うことにより
サンプルが多い場合の発現比較が行いやすくなるそうです。
single cell RNA-seq案件が増えることでサンプル数が多い解析も
多くなってくると思います。
早く検証を行ってお客様に情報提供できるようにしたいと思います。