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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

ヒートマップ図の色指定

バイオインフォマティクス
Rでヒートマップ図を描く時、gplotsパッケージに用意されている色のセットを使うと、色指定が楽です。

> install.packages('gplots')
> library(gplots)


論文などを見ていると、最近は青→白→赤が多いような気がするのは私だけでしょうか。
青→白→赤は、「bluered(色数)」で指定できます。色数を多くするとグラデーションを細かくできます。
> heatmap(as.matrix(mtcars), col=bluered(256))


従来の緑→黒→赤は「greenred(色数)」で指定できます。
> heatmap(as.matrix(mtcars), col=greenred(256))


「もう少し深みのある緑がいい」といったこだわりのある方は、以下のようにして自分で色を作るのもいいかと思います。
> g2r <- c(rgb(0, seq(0.5,0,-0.01), 0), rgb(seq(0,1,0.01), 0, 0))
> heatmap(as.matrix(mtcars), col=g2r)