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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

BEDtoolsのオプション

バイオインフォマティクス

BEDtoolsは何かと便利なツールです。当ブログでも、intersectBedの記事のページがアクセスランキング上位になっています。。
つい最近までBEDtoolsのバージョンはずっと前にインストールした2.13を使っていましたが、先日より新しいバージョンのものを使ったところ、intersectBed、windowBedなどのツールに、2.13にはなかったオプションを発見しました。

"-header" です。

旧バージョンのBEDtoolsでは、BED、VCFなどのフォーマットのヘッダ行が無視され、データ行のみが出力されていました。特にVCFはヘッダがないと不便なので、いつもヘッダのみを最初に出力し、次にデータ行を追記していましたが、面倒だなと思っていました。
具体的にどのバージョンから実装されているのかは現在わかりませんが、この -header オプションで、データ行だけでなくヘッダも出力できるようになったので、その手間が省けるようになりました。

ざっとよく使うツールだけ確認しましたが、intersectBed、mergeBed、flankBed、windowBed、sortBedあたりは-headerオプションが使えます。

このオプション追加はツールの性能自体の変化ではありませんが、こうして便利な機能が増えると嬉しいです。