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ログの残し方

ソフトウェアによっては、実行時に非常に詳細なログをずらーっと出力してくれます。
なぜか解析がうまくいかないときなど、解析時の実行内容を確認するため、このログを後から見返すと役に立つことも度々あります。
しかし、ログを流しっぱなしにしては、後から見返す際に不便です。
そこで、そのログをファイルに書き出して残す方法をご紹介します。

$ command > log.txt

> はリダイレクトと呼び、コマンドの標準出力をファイル(ここではlog.txt)に書き込む記号です。

コマンドの出力には標準出力だけでなく標準エラー出力もあります。
標準出力と標準エラー出力を分けて残したい場合は以下のようにします。

$ command > log.txt 2> log_error.txt

標準出力と標準エラー出力を、一緒にログに残すためには、 2>&1 と付け加えます。>と&の順番に注意してください。

$ command > log.txt 2>&1

【FastQCでの使用例】
$ fastqc --nogroup test_1.fastq > log.txt 2>&1

log.txtの中身を確認してみると、普段は画面上に出力されるFastQCの進行状況が書き込まれていることがわかります。