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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

STAR(1)

RNA-seqデータを高速にマッピングするソフトウェアSTARについて
ご紹介します。

A. Dobin et al, Bioinformatics 2012;
doi: 10.1093/bioinformatics/bts635
"STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner"

◆STARのインストール
$ wget http://STAR.googlecode.com/files/STAR_2.3.0e.Linux_x86_64.tgz
$ tar zxvf STAR_2.3.0e.Linux_x86_64.tgz


◆ゲノムのダウンロード
$ wget ftp://ftp2.cshl.edu/gingeraslab/tracks/STARrelease/STARgenomes/hg19_Gencode19.tgz
$ tar zxvf hg19_Gencode19.tgz


◆STAR実行
$ STAR --genomeDir hg19_Gencode19 --readFilesIn FASTQ1 FASTQ2 --runThreadsN 3


ヒトRNA-seqデータ(※1)をTophat(※2)でマッピングした結果と
比較してみました。