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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

OR条件でgrep

バイオインフォマティクス

Rでgrep

続・Rでgrep

grepのこんなオプション

grepを数えるオプション

普段解析でよく使うコマンドのためか、このブログはgrepネタが多い気がします。
ということでまたgrepネタです。

grepで特定の文字列を含む行を抜き出す場合、文字列を¥|でつなげることで「OR」にすることができます。

例:「ABC」または「DEF」を含む行を抜き出す
$ grep 'ABC¥|DEF' ファイル

例:SAMファイルから「ヘッダー行」または「XT:A:U」を含む行を抜き出す
$ grep '^@¥|XT:A:U' SAM | samtools view -Sb - > BAM

複数のgrepコマンドをパイプでつないで「AND」にするのはよくやっていたのですが、「OR」ができることは今日ふと気になって調べて初めて知りました!