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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

FastQCの新機能

バイオインフォマティクス

FastQCにv0.11.1から次のチェック項目が追加されています。

・Per tile sequence quality
タイル単位のクオリティが出せるようになりました。


・Adapter Content
これまではOverrepresented sequencesでアダプタも確認していましたが、アダプタ混入率を示す専用の項目ができました。


Duplication moduleやK-mer moduleも改良されたそうです。
また、まだ試していませんが、OK/Warn/NGの閾値がカスタマイズできるようになったそうです。

後はレポートHTMLが、-oで指定したディレクトリ直下に単体で出力されるようになったのが、個人的には嬉しいです。
前はディレクトリの中に他のファイルと一緒にHTMLが入っていたので、サンプル数が多いとディレクトリをポチポチ開いてレポートを見て回るのが地味に面倒くさかったんですよね。

オープンソースのソフトなのに高機能でどんどんブラッシュアップもされていて、ユーザとしては本当にありがたいです。