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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

SeqCap Epi連載[1]|NGSでメチル化解析

次世代シーケンサー解析
DNAのメチル化解析手法はこれまでマイクロアレイや、リアルタイムPCRを使用したものがありましたが、どれも解析可能なゲノム範囲に限りがありました。
しかし、NGS(次世代シーケンサー)を使用するSeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit(ロシュ・ダイアグノスティック)なら、全ゲノム上の550万箇所以上におよぶCpGサイトのメチル化を検出することが可能です*1

例えば、代表的なメチル化解析ビーズアレイ(HumanMethylation450 DNA Analysis Kit)と比較した場合、こちらは45万箇所のCpGサイトに対応している*2ため、12倍以上のCpGサイトを解析することが可能です。

このように、網羅的なメチル化解析が可能ではありますが、その反面実験データが多くなり、解析が容易に行いにくいという見方もできます。そこで、弊社ではSeqCap Epiを用いた実験データの容易な解析を可能にするオリジナル解析パイプラインを開発中です。
この解析パイプラインは、ロシュ社が公開している解析パイプライン*3をベースに開発していることが大きな特徴です。ここへ更にアメリエフ独自のアレンジを加えていますので、ご期待ください。

次回は、解析パイプラインの概要を紹介いたします。

*1:SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit製品紹介ページ参照
*2:HumanMethylation450 DNA Analysis Kit製品紹介ページ参照
*3:「NimbleGen SeqCap Epi ターゲットエンリッチメントデータの評価方法」をベースに開発