アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

SAM/BAMのフラグの意味を教えてくれるサイト

SAM/BAMのFLAG列には、そのリードまたはペアとなるリードの
マッピング状態に関する情報がビットの和で示されています。

例えばあるリードがFLAG=12だった場合、12は2進数で1100となり、
SAM Specによると「マップされなかったリード」は0x4で
「相方がマップされなかったリード」は0x8ですので、
「自分も相方もマップされなかったリード」であることがわかります。

仕事中、FLAGの意味を確認したいことがしばしばあるのですが、
この「FLAGを2進数変換して解釈する」ステップが地味に面倒くさく
感じていました。

この件に関して、いつも頼りにさせていただいている
NGS Surfer's Wikiに、非常に便利なサイトの紹介があるのを見つけました。