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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

RSQLite依存パッケージインストールのエラーについて

ある環境で使用していたとあるBioconductorパッケージを、別の環境でも使うためインストールしようとしたらエラーが出ました。
具体的にはggbioとbiovizBase、他にもhatさんご紹介のReactomePAもダメでした。

エラー文を見てみると、「RSQLite」パッケージの名前が出てきます。
調べたところ、どうやらこのRSQLiteパッケージは昨年10月にアップデートされています。その結果、RSQLiteに依存しているパッケージに影響があったようです。

最新のR-3.1以降のバージョンで使えるbiocLiteでは、既にこの問題に対応済みのパッケージをインストールできるようです。
これ以前のバージョンのRでは、既にインストール済みのパッケージは(何かのはずみでRSQLiteをバージョンアップしない限り)動作に問題がありませんが、新しくRSQLiteに依存しているパッケージをインストールすることができないようです。

今まで問題なかったものが、突然うまくいかなくなると焦りますね。
私の場合は、最新のバージョンのRを使うことにしました。