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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

ChemmineRを使ってみよう【3】

前回までで、SDFデータの読み込みと、データのvalidationをご紹介しました。
今回は、読み込んだ化合物のfingerprint/atom pair descriptorを取得する方法です。

SDFsetからfingerprint/atom pair descriptorへの変換には、ChemmineOBという新しいパッケージをインストールします。
Open Babelというツールを扱うためのRインターフェースです。

biocLite("ChemmineOB")
library(ChemmineOB)

※ Open Babelのデータベースの関係で、OSによって挙動が違うようです。詳細はChemminOBのREADMEをご覧ください。

化合物のFingerprintの取得
fingerprintを取得します。

fpset<-fingerprintOB(sdfset,"FP2")
fpset
An instance of a 1024 bit "FPset" of type "FP2" with 10 molecules

fingerprint以外にもatom pair descriptorでも解析できます。

apset <- sdf2ap="" sdfset="" br=""> apset
An instance of "APset" with 10 molecules


次回では、fingerprintを使った類似検索・比較を行います。