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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

無害なメッセージと有害なメッセージ

hatです。私は昔から自分の体調を気にしすぎてしまうところがあります。

頭が痛いといっては脳腫瘍を疑い、お腹が痛いといっては盲腸を疑い、指のささくれが膿んだといっては指が壊死するのではないかと悶々とし、しかし結果的には何でもなくてここまで元気に生きてきました。

10年ほど前でしょうか、足の親指にある黒い塊を皮膚がんではと気に病み、死んだ後見られて困るものなどを身辺整理した後、勇気を出して皮膚科を診察した結果、「大きなホクロです」と診断されたことがあります。
せっかくなので「でも変な形をしているんです」などと少し食い下がってみましたが、「ただの変な形のホクロです」ときっぱりと言われました。

そう言われると確かにそれはホクロにしか見えず、安堵するやら恥ずかしいやらの複雑な心境で帰ってきました。そして、一目で良性か悪性か判断できるとは、お医者さんはさすがプロだなあと思いました。

ソフトウェアを実行していて警告やエラーが出た時に、気にするべきものか無視していいものか判断が迷うことがあります。

GATK(v1.6)を実行していて、次のような警告が出ることがあります。
WARN 09:58:00,492 RestStorageService - Error Response: PUT '/GATK_Run_Reports/xxx.report.xml.gz' -- ResponseCode: 403, ResponseStatus: Forbidden,

GATKは実行時にログをBroadInstituteまたはAmazonクラウドへ送るようにしているのですが、なんらかの理由でログ送信が失敗した場合にこの警告が出るようです。
他にエラーが無く、結果ファイルが出力されていれば、実行自体はうまくいっているので気にしなくて大丈夫です。

ちなみにログを送らないようにするには、https://www.broadinstitute.org/gatk/request-key からGATKのキーファイルを申請し、GATK実行コマンドに「-et NO_ET -k キーファイル」オプションを付けて実行する必要があるそうです。

参考
http://gatkforums.broadinstitute.org/discussion/1250/what-is-phone-home-and-how-does-it-affect-me
http://gatkforums.broadinstitute.org/discussion/1721/warnings-and-errors-during-score-calibration