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アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

seq2pathwayでアノテーション(後)

Bioconductorのseq2pathwayパッケージを使ってパスウェイのアノテーションを行います。
※seq2pathwayのインストールはこちらの記事をご覧ください。

seq2pathwayパッケージに含まれているテストデータを使ってテストしてみましょう。

library(seq2pathway)
data(dat_chip)



こんなデータです。遺伝子名とスコアのセットです。

head(dat_chip)




これらの遺伝子に対して、パスウェイをアノテートします。
遺伝子情報は、seq2pathwayに入っているMsigDB_C5データを使います。

data(MsigDB_C5,package="seq2pathway.data")
result_FAIME <- gene2pathway_test="" dat="dat_chip," database="MsigDB_C5," fishertest="T," empiricaltest="T," method="FAIME" alpha="5," logcheck="F," na="" rm="F)</code">



結果は、2つのデータフレームから成るリストです。

names(result_FAIME)




データフレームgene2pathway_result.FETの1列目、3列目、9列目にパスウェイ名、Fisher検定のp値、遺伝子のリストが入っています。

head(result_FAIME$gene2pathway_result.FET[,c(1,3,9)])



※クリックで拡大します

gene2pathwayではGeneOntologyのアノテーションも行えます。

遺伝子・パスウェイ・GeneOntologyのアノテーションを行うBioconductorのパッケージには、以前紹介したBiomaRtReactomePAなどさまざまなパッケージがありますが、gene2pathwayも使いやすいと思いました。