アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

pythonのゲノム解析で有用物質を発見?

こんにちは。新入社員のFukuです。
アメリエフでPythonを使うんだよ、と情報系でない人に話すと、「水牛?」といわれます。ニシキヘビです。

さて、Python(ニシキヘビ)& インフォマティクス な論文をひとつご紹介します。

Genomewide Analysis of the Antimicrobial Peptides in Python bivittatus and Characterization of Cathelicidins with Potent Antimicrobial Activity and Low Cytotoxicity

筆者らは公開データを利用して、Python bivittatusゲノムの中から、未知の抗菌物質をコードする(可能性がある)配列を発見しました。
タンパク質データベースから、爬虫類のAMP(抗菌タンパク質)配列を取得し、
pythonゲノムに対し、tblastn(protein → tlanslated nucleotide)、blastp(protein → protein)を行いました。
その結果、抗菌タンパク質に類似した候補配列が複数発見されました。
その後、実際に候補タンパク質をin vitro 合成し、うち一つのタンパク質で抗菌活性・低い細胞毒性が確認されました。
このタンパク質は既知の抗菌物質とは異なる構造を持つ部分もあり、新しい抗菌物質として利用できる可能性があります。

生物系研究ではおなじみのBLASTを使っていたので、それで新しいことが見つかるんだ!とわくわくしてしまいました。
生物のゲノムには、まだまだ発見されていない有用物質が眠っていそうです。

私は何を発見しようかなぁ😃
バイオインフォマティクスを利用して発見したいものがあったら、なんでも当社にお尋ねください!