アメリエフのブログ

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ツールの出力をまとめてレポートに! MultiQC ①

kimotonです。

今回はMultiQCを紹介します。

その名の通りマルチなQCツールです。
論文はこちら

マルチなQCツールなんて言いましたが、要するにバイオインフォマティクス系ツールの結果ファイル、ログファイルをまとめていい感じにレポートにしてくれるツールです。
しかもレポートの中の画像はインタラクティブです!

紹介動画を添付します。
youtu.be

作者のPhil Ewels氏のツイートを見てみましょう。

Rでレポート作成に時間かけてる場合じゃないだろ!とおっしゃっています。
その通りですね。

対応しているツール

MultiQCに対応しているツールは以下になります。

f:id:kimo-n:20180605143823p:plain

githubページより拝借。 ここに書かれているツールの出力ならどれでもレポート内にまとめられます。

出力例

ホームページ上で公開されている出力レポート例を貼っておきます。
これだけでもMultiQCの威力が感じられると思います。

RNA-seq Analysis
http://multiqc.info/examples/rna-seq/multiqc_report.html

Whole-Genome Analysis
http://multiqc.info/examples/wgs/multiqc_report.html

Metylation Analysis(Bisulfate)
http://multiqc.info/examples/bs-seq/multiqc_report.html

Genome Structual Analysis (Hi-C)
http://multiqc.info/examples/hi-c/multiqc_report.html

次回は実装手順を簡単にご紹介します。