去年、The Scientist誌が選んだ革新的技術トップ10（Top 10 Innovations 2015）の1位を飾った技術、それが、スタートアップ企業10x genomicsが開発した、「GemCode」と呼ばれる次世代シーケンサーの新しい前処理技術です。 GemCodeの技術を簡単に説明すると…

バイオインフォマティクス初心者が勉強を始める際に、最初に立ちはだかる壁は、Linuxという未知のOSとの相対だと思います。 最近はVirtualBoxなどの仮想化ソフトもネットにたくさんありますので、導入すること自体は皆さんできるかと思います。しかし、もし.…

Cytoscapeは、複雑なネットワークおよびその属性の図示、統合、分析に用いられるオープンソースのソフトウェアです。 遺伝子ネットワーク、ソーシャルネットワーク、路線図など、点(node)と線(edge)で構成されるデータセットを可視化することができます。 デ…

前回のブログでも少し触れましたが、10x Genomicsが開発したGemCodeシステムは、ショートリードから擬似的にロングリードを生成する革新的な技術です。 今回はそのGemCodeシステムに対応したゲノム解析パイプラインLong Rangerのご紹介をしたいと思います。 …

バイオ分野で使われているプログラミング言語には、バイオインフォマティクス向けのライブラリが用意されており、BioPerlやBioPythonなどをご存知の方は多いかもしれません。 最近注目されているGoogleによって開発されたGO言語にも、バイオインフォマティク…

2016年5月20日に開催した第44回、および27日に開催した第45回バイオインフォマティクス勉強会の 「フリーソフトではじめるNGS融合遺伝子解析入門」の資料を、一部修正してSlideShareに公開いたしました。 RNA-seqの基本的な解析方法にはじまり、融合遺伝子解…

2016年4月18日より、こっそり入社していましたmisawatと言います。 出身は神奈川ですが、相模原に住んでいるのでアメリエフのオフィスは少し遠いです。 大学では医療、大学院では分析科学をやってきました。 最近の分析機器は高性能なので簡単にビッグデータ…