アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

ASHG2016でgnomADが公開

10/18~22はアメリカ人類遺伝学会(ASHG)2016がバンクーバーで開催されていました。 その中でBroad Institueから発表されたGenome Aggregation Database (gnomAD)について紹介したいと思います。 次世代シーケンサー(NGS)を使っている人にはお馴染みの図です…

データ解析トレンド

現在、アメリエフはNGSデータを中心に解析を行っています。 しかし、もともと起業した社長は遺伝統計学のバックグラウンドがあり、最初はSNPアレイデータ解析の会社でした(そもそも、創業当時はNGSが今ほど普及していませんでした)。 とはいえ、ここ数年ず…

誰でもわかる(と思う!)LTR解析 その1

〜前置き〜 だんまりを決め込んでいました。 どうもmisawatです。 たまにはInputだけではなくOutputせねば!と謎の義務感にかられたので記事を書きにきました。 テーマは「LTR (Long Terminal Repeat)」の解析です。 ・・・。 はい。 「繰り返し〜」とか「リ…

第46回バイオインフォマティクス勉強会「10x Genomicsによるロングリード解析@東京」開催のお知らせ

9月9日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 《内容》10x Genomicsが開発したGemCodeシステムは、ショートリードから擬似的にロングリードを生成する革新的な技術です。 本勉強会では、日本で10x Genomicsのサービスを提供する3社を…

ヒトデータのセキュリティ

今夏は慎重に行動していたおかげでほとんど蚊に刺されていなかったのですが、お盆休みで実家に帰ったところ、寝ている間に10箇所も刺されてしまいました。 せっかく気を付けていたのに、台無しです。 無理やりこじつけますが、気を付けるといえば、ヒトのシ…

夏の風物詩

先週開催されたNGSハンズオンの第2部が無事?終わり、社内の関係者一同、ほっと一息ついています。 そろそろ、アメリエフの夏の風物詩となりつつあります。 昨年から、科目も内容も増やしたこともあり、準備に大わらわでしたが、講習後に、わかりやすいと多…

今年もNGSハンズオン講習会

去年、講師・TAを担当させていただいたNGSハンズオン講習会で、今年もNGS解析を担当させていただきます! (平成28年度NGSハンズオン講習会) 去年担当させていただいた科目は、PythonやPerlなどのプログラミングとNGS解析の一部(NGS基礎・Reseq解析)でし…