アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

edgeRにおける比較グループ指定の方法

edgeR を用いたRNA-seq の発現比較において比較群を定義する時のポイント。これがコントロール群、あれが比較群だよ、とバッチリ指定しましょう!【コマンド例あり】

今年も勉強会を実施しました。〜NGSデータ解析を内製化するか外部委託するか決定法〜

NGSデータを用いた研究にあたり、測定や解析を内製化するか、外部委託するかはポイントになります。こんな方にオススメ・利用例を公開!

Linuxサーバでblastnを実行する・ダウンロード方法

Linuxサーバで、ダウンロードした好きなデータベースを参照して blastnを実行する方法

Linux R Python入門におすすめの本

Linux、R、Pythonのおすすめ入門書です。新入社員も読んでいます!

SeuratのFindMarkers() の結果を使ったVolcano plotの描き方

Volcano plotを描くために、SeuratのFindmarkers() 関数のオプションを少し工夫します。

メタゲノム解析16S rRNA配列の2大データベース

16S rDNA メタゲノム解析で使われるデータベース、SILVAとgreengenesの違い

Reactome Pathwayの最上位カテゴリを自動的に検索する方法

Rパッケージ "ReactomeContentService4R" の getPathways() 関数を使って、Reactome Pathwayの最上位のPathway名を検索する。