アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

「あさ会」を始めてみた。その効果は!?

エンジニア・マネージャー数名で"朝会"(あさかい)を始めました。リモートワークでは毎日集まり会話するのは貴重な時間かも!いま感じている効果とデメリットをまとめます

Seuratオブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法

scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説!

BAMから、depth10以上の領域を示すbedを作る方法【bedtoolsの使い方】

アラインメントファイル(BAM)から、「Depthが10以上のゲノム領域」を示す領域ファイル(BED)を作成する方法を丁寧に解説。便利なソフトウェアbedtoolsのインストール方法も紹介。

edgeRにおける比較グループ指定の方法

edgeR を用いたRNA-seq の発現比較において比較群を定義する時のポイント。これがコントロール群、あれが比較群だよ、とバッチリ指定しましょう!【コマンド例あり】

今年も勉強会を実施しました。〜NGSデータ解析を内製化するか外部委託するか決定法〜

NGSデータを用いた研究にあたり、測定や解析を内製化するか、外部委託するかはポイントになります。こんな方にオススメ・利用例を公開!

Linuxサーバでblastnを実行する・ダウンロード方法

Linuxサーバで、ダウンロードした好きなデータベースを参照して blastnを実行する方法

Linux R Python入門におすすめの本

Linux、R、Pythonのおすすめ入門書です。新入社員も読んでいます!