キムです。 お久しぶりです。 専門的なお話を、ひと休みもふた休みもさせていただいておりますが、 今日はまさかの食べ物のお話です。 我が家の、夏の料理の定番と言えば「レングッ」です。 「レングッ」とは朝鮮語で「冷たいスープ」という意味です。 涼し…

キムです。 アメリエフの書籍棚に今うわさの「もしドラ」がやってきました！！ ビジネスコーナーに平置きされている少女アニメっぽい表紙の本。 電子版も大人気！という電車の広告。 そりゃもう気になってました。 「もし高校野球の女子マネージャーがドラッ…

今日は、統計解析パッケージソフト「SPSS」の年に一度のセミナー「SPSS Data Mining Day 2010」が渋谷であったので参加してきました。 仕事の都合もあって、午前のセッションしか聞けなかったのですが、その午前のセッションの一つに「データマイニングの医…

キムです。 とうとう関東甲信地方も梅雨入りしましたね。 今日は専門的なお話はひと休みして、思い出話をひとつ・・・。 大学時代、友人が「キッパリ!―たった5分間で自分を変える方法」 という本を愛読していました。 自分を変えられるちょっとした行動や心…

先週から、100検体のSNPジェノタイピングアレイデータをCNV解析する方法について、少しずつ紹介してきました。 50人の患者さんから、100検体（腫瘍細胞50検体+正常細胞50検体）をそれぞれ採取したと想定して、まずサンプル99HI0698C（腫瘍細胞）のジェノタイ…

CNV解析 -CNV領域を決定する１-で、腫瘍細胞から得たサンプル99HI0698Cのジェノタイピング結果について解析を行いました。 今日はフィルタ機能を使います。 $ filter_cnv.pl と入力しEnterキーを押すと、Usageが表示されます。 一通りのオプションを設定でき…

CNV解析 -CNV領域を決定する１-で、腫瘍細胞から得たサンプル99HI0698Cのジェノタイピング結果について解析を行いました。 出力されたデータ「99HI0698C.rawcnv」を見ていきます。 chr3:37957465-37961253 numsnp=3 length=3,789 state2,cn=1 99HI0698C.txt …

CNV解析 -CNV領域を決定する１-で、腫瘍細胞から得たサンプル99HI0698Cのジェノタイピング結果について解析を行いました。 入力したコマンドを詳しく見ていきます。 detect_cnv.pl -test -hmm /Users/penncnv/lib/hh550.hmm -pfb /Users/penncnv/lib/hh550.h…

100検体のSNPジェノタイピングアレイデータを、CNV統計解析ソフト「PennCNV」を使って、解析していきたいと思います。 50人の患者さんから、100検体（腫瘍細胞50検体+正常細胞50検体）をそれぞれ採取したと考えます。 まず、サンプル99HI0698C（腫瘍細胞）の…

今日は、スタートガイドを見ながら、CNV統計解析ソフト「PennCNV」を使用していきます。 ここでは、Linux（CentOS 5.4 64bit）を使用して、コマンドラインで行います。 サンプルデータを見ていきましょう。 exampleフォルダの中に「runex.pl」プログラムがあ…

今日からは、CNV統計解析ソフト「PennCNV」を使用します。 PennCNVは、SNPジェノタイピングアレイからコピー数多型(CNV:copy number variation)解析を行えるフリーのソフトウェアツールです。 Illumina社とAffymetrix社の各種アレイデータの解析が行えます。…