2010-01-01から1年間の記事一覧
今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)をご紹介したいと思います。 IGVは、米Broad Instituteによって作成されたゲノムブラウザです。 Javaで作成されているので、使用する際はJavaをインストールしておく必要があります。サイトはこちらです。 画面は…
一昨日は、UCSC GenomeBrowserでCNVデータのカスタムトラックを作成しました。今日は、図を少しアレンジしたいと思います。 通常ヒトの細胞には、父由来と母由来の2コピーの遺伝子があると考えられていますが、実際は遺伝子のコピー数が、1コピー以下に減っ…
昨日は、CNVデータのカスタムトラックを作成しました。 bedGraphフォーマットでデータを入力しましたね。track type=bedGraph name="Tsp1_dup" yLineOnOff=on yLineMark=0.0 description=" " visibility=full color=200,100,0 altColor=200,50,0 chr7 682701…
1.UCSC のサイトにアクセスして、Genome Browserに移動 Genome Browserボタンをクリック 2.カスタムトラックを作成 manage custom tracksボタンをクリック 3.ゲノム情報を選択 clade、genome、assemblyをクリックメニューから選択 4.データを入力 tr…
今日は、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)のBioinformatics Teamによって開発・運用されている「UCSC Genome Browser」について、簡単にご紹介したいと思います。 魅力的な点は、 1.検索が高速 2.多様なアノテーション 3.データベースと…
キムです。 お久しぶりです。 明日から、「UCSC GenomeBrowser」と「IGV(Integrative Genomics Viewer)」を使って、いろいろなデータを表示していきたいと思います。 ・UCSC GenomeBrowser http://genome.ucsc.edu/ ・IGV(Integrative Genomics Viewer) …
アメリエフ株式会社の山口です。 12月4日(土)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のお知らせです。 今回のテーマは、「バイオ研究者のためのLinux入門」です。 Linuxのインストールから、BLAST、Primer3などのフリーソフトのセットアップとデータベー…
次世代シーケンサーの一つ、ライフテクノロジーズのSOLiDのデータ解析をしています。 オープンソースの解析ソフトは多数公開されていますので、そのソフトをつなぎ合わせて目的の解析をするパイプラインを構築するのですが、そのパイプラインの途中に組み込…
会社HPの一部リニューアルを準備しています。 サービスの構成を整理し、わかりやすくまとめたページを準備しておりますので、公開まで数日ほどお待ちください。 弊社のサービス・製品紹介は、まずチラシを作成し、そのデザインをベースにHPを作成しています…
先週末の土曜日に、無事「日本人類遺伝学会 第55回大会」が終了しました。 最終日はあいにく台風が近づいているせいもあって、来場者はあまり多くはなかったようにおもいます。 企業展示ブースはポスター発表会場と同じ場所なのですが、ポスター発表が2日目…
本日は「日本人類遺伝学会 第55回大会」の二日目でした。 知り合いに食事会(飲み会)に誘われたので、今はその帰りの電車内です。 注目キーワードとしては、次世代シーケンサー(Next Generation Sequencer:NGS)があります。 口頭での研究発表でもポスター…
今日が「日本人類遺伝学会 第55回大会」の初日でしたが、 無事に終わって、今は帰りの電車内です。 緊張の連続でしたが、懐かしい人たちに出会えたり、アドバイスをいただけたりと、貴重な体験ができた初日でした。 立ちっぱなしで疲労もMaxなので、帰ったら…
いよいよ明日28日から「日本人類遺伝学会 第55回大会」です。 会社として初めての出展というだけでなく、2000年から人類遺伝学を研究対象としてきた自分にとって、聴衆としての立場だけでなく、情報提供する立場にもなれたことは大変な喜びです。 研究は日進…
明後日の28日〜30日の3日間、埼玉県の大宮ソニックシティーで開催される「日本人類遺伝学会 第55回大会」に弊社がブースを出すため、社内での準備が大詰めです。 会社にとって、イベントへの出展がこれが最初なので、本当に緊張しています。 準備は何から始…
日本バイオインフォマティクス学会のニュースレター21号に弊社の記事が掲載されました。 他にも数社の記事が掲載されていますが、次世代シーケンサー(NGS)関連の記事が大半ですね。業界のトレンドを表しているとおもいました。 弊社記事にはNGSの話題もあ…
弊社でCNV解析に主に利用している「PennCNV」ですが、頻繁にバージョンアップ(マイナーな機能追加)がされています。 8月のバージョンアップでは、画像の出力がフォローされたようです。 加えて、イルミナ社のアレイチップ「HumanCytoSNP12 V1」と「HumanOm…
ご無沙汰しております。アメリエフの山口です。 1ヶ月間にも渡り更新が滞ってしまい申し訳ございません。 その間、もちろん遊んでいたわけではなく、日々の仕事をしながら、来週開催される「日本人類遺伝学会 第55回大会」(10/28〜10/30)に弊社ブースを出…
弊社HP上の「お問い合わせ」ページがエラーとなり、現時刻までの約1週間ほど、動作しない状態でした。。 ご迷惑をおかけしました。申し訳ございません。 現在は復旧しておりますので、勉強会の参加表明やお問い合わせにご利用いただけましたら幸いです。 今…
アメリエフ株式会社の山口です。 10月2日(土)に開かれる第三回バイオインフォマティクス勉強会のお知らせです。 今回のテーマは、「ゲノムマップのviewer」です。 「UCSC GenomeBrowser」と「IGV(Integrative Genomics Viewer)」を利用し、 次世代シーケン…
アメリエフ社長の山口です。 2010年9月1日にSNPデータ解析ソフト「QuickGWAS」をリリースさせていただきました。 SNPチップやシーケンサーなどから得られるSNPタイピング結果に対して、ケース・コントロール解析やQTL解析等の遺伝統計解析を行うことは容易で…
お久しぶりです! キムです。 今日はお知らせがあります。 ゲノムワイド関連解析ソフト「QuickGWAS Online」を 9月1日(本日)リリースしました! 設立から今日まで、アメリエフは多くのお客様や周りの方々に支えられながら、たくさんの経験を積んでまいり…
アメリエフ株式会社の山口です。 先週土曜日に開かれました「第二回バイオインフォマティクス勉強会『SNP解析の実践』」は、懇親会まで含めまして無事に終了いたしました。 ご参加くださいました皆様、参加をご検討くださいました皆様、ありがとうございまし…
2010年8月5日の日経新聞に掲載された記事で、政府の科学技術予算がいままで各省でバラバラだったのを、事前に省庁横断的に事業選定する方針に切り替わるとありました。 科学技術予算の重点8分野の一つ「健康」が弊社の事業に一番関わりがあります。その中で…
8月21日(土)の第2回バイオインフォマティクス勉強会「SNP解析の実践」ですが、予定より早く定員いっぱいとなりましたので、募集を締め切らせていただきます。 ご好評いただき、ありがとうございました。 身が引き締まる思いです! 今回はご都合がつかず参加…
お久しぶりです! キムです。 7月末からご案内しておりました 8月21日のバイオインフォマティクス勉強会【SNP解析の実務】が、 いよいよ来週に迫りました。 多くの皆様からお申し込みをいただき、誠にありがとうございました。 あと2名で定員になりますので…
アメリエフ株式会社の山口です。 梅雨が明けて暑い日が続きますが、みなさんいかがお過ごしでしょうか。 8月21日(土)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご連絡です。 今回のテーマは、ブログでの反響が大きかった「SNP解析の実務」です。 私が講師…
7/14(水)・15(木)と弊社のキムが、アプライドバイオシステムズの第2世代シーケンサーである「SOLiD」の講習会に参加させていただきました。 SOLiDの詳細 詳細は上記リンクや他の資料をご参照いただくとして、他の第2世代シーケンサーと比べてリード長が短い…
お台場のビッグサイトで開催されているBioExpo2010に来ています。 今年で3年連続での参加になります。 最先端のサービスや機器が展示されているので大変勉強になります。 学会はアカデミックが主ですが、展示会はビジネス面がメインになるので、大変刺激にな…
キムです。 お久しぶりです。 専門的なお話を、ひと休みもふた休みもさせていただいておりますが、 今日はまさかの食べ物のお話です。 我が家の、夏の料理の定番と言えば「レングッ」です。 「レングッ」とは朝鮮語で「冷たいスープ」という意味です。 涼し…
キムです。 アメリエフの書籍棚に今うわさの「もしドラ」がやってきました!! ビジネスコーナーに平置きされている少女アニメっぽい表紙の本。 電子版も大人気!という電車の広告。 そりゃもう気になってました。 「もし高校野球の女子マネージャーがドラッ…