R 「関数textとlegend」では、文字列と凡例を書き込みました。 書きこんだ文字列が見にくいようなので、位置を調節します。 太字の部分を書き足しました。 # デバイス領域 png("110131_iris.png", height=700, width=500) # 作図領域 par(mar=c(4,4,2,6),xpd…

2週にわたって、SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」のお話をさせていただきました。 もっと詳しく知りたい方は、チュートリアルをご覧いただくか、弊社ホームページのお問い合わせフォームよりご連絡ください。 機能を充実させた「QuickGWAS Pro.」…

先週から、SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」を使用しています。解析は、Preparation→GWAS→Plotの順番で行います。 今日は、GWASの結果をPlotして可視化します。 step1 「Plot」タブを選択します。 step2 「.assoc.plot.txt」ファイルを指定します…

SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」を使用して解析を行います。 解析は、Preparation→GWAS→Plotの順番で行います。 前回は、GWASを行いました。 GWASが成功すると「GWAS End」ウィンドウが表示され、サンプル数が表示されます。 結果は、BEDファイル…

SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」を使用して解析を行います。 解析は、Preparation→GWAS→Plotの順番で行います。 Preparationが完了したら、GWASを行います。 step1 「GWAS」タブを選択します。 step2 「.bed」「.bim」「.fam」ファイルを指定しま…

SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」のSettingが済んだら、さっそく解析を行います。 解析は、Preparation→GWAS→Plotの順番で行います。 Preparationでは、PED／MAPファイルから、バイナリーファイル（BED／BIM／FAM）を作成します。 step1 「Prepara…

SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」のダウンロードが済んだら、さっそく使ってみましょう！！まずSetting作業を行います。 step1 「QuickGWASAcd_（バージョン番号）.exe」をダブルクリックして起動します。 step2 「Setting」タブを選択します。 st…

今日は、SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」のダウンロード方法についてお話します。 step１ アメリエフ株式会社の「QuickGWAS Academic」ページを開きます。 URL: http://amelieff.jp/service/software.html step２ 「QuickGWASAcd_(バージョン番号…

SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」の機能を、もう少し詳しくお話します。 １．case/control関連解析 ３種類のファイルと、MAFおよびHWEを指定します。 実行ボタンをクリックすると解析が行われます。 結果は、テキストファイルで出力されます。Exce…

今週は、SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」のお話をします。 教育・研究機関の方は無料でご利用いただけますので、是非お試しください。 「QuickGWAS Academic」は、ゲノムワイド関連解析ツールセット「PLINK」のWindows版GUIインターフェースです…

SNP・GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」（無料版）をバージョンアップいたしました。（-> Ver. 1.1.0） ダウンロードページはこちらです。 http://amelieff.jp/service/software.html

前回のおさらいとして、関数textで「○」をプロット領域に書きます。 次に、プロット領域の外に凡例を書き込みます。 前回のプログラムに、太字の部分だけ追加しました。 # デバイス領域 png("110114_iris.png", height=700, width=500) # 作図領域 par(mar=c…

集団から外れている個体番号を目で確認したい場合など、関数textを使うと便利です。昨日のプログラムに、太字の部分だけ追加しました。 # 散布図 png("110113_iris.png", height=600, width=400) plot(iris[,1], iris[,3], xlab="iris[,1]", ylab="iris[,3]"…

まず、irisデータの散布図を描きます。 speciesデータ(5列目)ごとに、記号の形と色を変えます。 次に、関数legendで凡例を書き加えます。 # 読込 data(iris) # 散布図 png("110112_iris.png", height=600, width=400) plot(iris[,1], iris[,3], xlab="iris[,…

関数textを使って、作図領域に文字列を描画する。 text(x, y, labels, ...) 関数legendを使って、凡例を追加する。 legend(x, y, legend, ...) 今週は、ふたつの関数を使用して、図の中に文字を入れていきたいと思います。

Rで作図する際、見やすい図にこだわり始めると、結構な時間がかかってしまいます。日頃からRwikiに大変お世話になっていますが、とっても素晴らしいページを発見したのでメモします。 グラフィックス参考実例集 プログラムの実例が沢山載ってます

キムです。 新年あけましておめでとうございます。 私事ですが、アメリエフに入社して早一年が経とうとしています。 去年から、本格的にバイオインフォマティクスを活用するようになり 「バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ」に大変お世話に…

新年、あけましておめでとうございます 弊社は本日から業務開始です。 まだお休みの会社も少なくないようで、通勤電車はいつもより空いていました。 今年は昨年以上に、バイオインフォマティクスを利用してバイオ研究の支援をしていきたいとおもいます。 昨…