アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

2011-02-01から1ヶ月間の記事一覧

花粉情報サイト

キムです。 とうとう花粉症の季節が始まってしまいました。 花粉情報は、環境省花粉情報サイトでご覧いただけます。 スギ花粉飛散開始マップ http://pollen-net.com/KAFUNMAP/kafunmap.html 環境省花粉観測システム(はなこさん)http://kafun.taiki.go.jp/i…

桜の開花予想

日本気象協会が、2月23日に発表した桜開花予想によると、 東京都の予想開花日は3月26日頃です。 ここで、「桜」とはソメイヨシノのことを指すようですね。 予測式には、 ・秋以降の気温経過 ・気温予想(長期予報のアンサンブルGPVから地上気温を算出する手…

IGV「リファレンスゲノム」

今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のリファレンスゲノムについてお話します。 用意されている配列はこちらです。 http://www.broadinstitute.org/software/igv/Genomes ツールバーでゲノムを選択します。 まず、Human hg18を選択しました。 遺伝子…

IGV「表示 4」

IGV(Integrative Genomics Viewer)の表示機能をご紹介します。 第4回目になりました。 データパネル ■グループで束ねる メニューバーの「Tracks」をクリックします。「Group Tracks...」をクリックすると、「Group By Attribute」ウィンドウが立ち上がり…

IGV「表示 3」

前回に引き続き少し脱線して、私がよく使うIGVの表示機能をご紹介します。 サンプルパネル ■移動する サンプルをクリックする。 ドラッグ&ドロップで移動する。 ■ソートする メニューバーの「Tracks」をクリックします。「Sort Tracks...」をクリックすると…

これからはじめるVisual C#2010

キムです。 今日は昼間でも冷たい風が吹いていました。 まだまだ寒い日が続きそうですね。 特に朝と夜は冷え込むので、皆様もお体にはお気をつけ下さい。 最近とてもお世話になった本のご紹介です。 これからはじめるVisual C#2010―Visual C#2010 Express Ed…

本棚がいっぱい

キムです。 アメリエフには、「アメリエフ文庫」と呼ばれる本棚があります。 専門書やビジネス書など、多様なジャンルが並んでいます。 新しい本もどんどん増えるので、引越しを機に本棚を一架増やしました。 幸せなことに、アメリエフ文庫のおかげで自己啓…

IGV「表示 2」

今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見ましょう」です。 入力したCNファイル(mynah.sorted.cn)は、縦に238304SNP、横に2つの解析結果(SNPごとのP値)が並ぶファイルです。 今日は少し脱線して、私がよく使う表示機能をご紹介します。 トラックの高さ ■…

IGV「表示」

今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見ましょう」です。 これまで、 1.ダウンロード 2.起動 3.CNファイル入力 を行いました。 入力したファイル(mynah.sorted.cn)は、縦に238304SNP、横に2つの解析結果(SNPごとのP値)が並ぶファイルでした。 今…

IGV「画面操作 2」

?番はデータパネルです。 オプションを指定しない場合は、Default Displayが表示されます。 今回のファイルは、「CN」フォーマットなので、データタイプは「Copy number」です。データタイプが「Copy number」の場合、デフォルトのオプションは Default Grap…

IGV「画面操作」

今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見ましょう」です。 先週は、下記URLのCNファイルを、IGVに入力しました。 http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/tutorial/gp_fileformats.html mynah.sorted.cnは、縦に238304SNP、横に2つの…

IGV「ファイル入力」

今日は、下記URLのサンプルデータをIGVで表示します。 http://software.broadinstitute.org/software/igv/CN CN File Format欄のmynah.sorted.cn(8.55MB)をダウンロードして保存します。 ファイルの中身を見ます。 SNP Chromosome PhysicalPosition MYNAH_p_…

IGV「CNファイル作成」

今週は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のダウンロードと起動について 書きました。 今回のテーマは「GWASの解析結果をIGVで見てみましょう」です。 フォーマットは、シンプルな「CN File Format」を使用します。 タブ区切りのファイルです。 SNP(tab)C…

IGV「起動」

今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)の起動方法についてお話します。 step1 Windowsの場合は、IGV_(バージョン番号)フォルダのigv_win.batをクリックします。cmd.exeが立ち上がり、ステータスバーが表示されます。 step2 十数秒待っていると、IGV…

IGV「ダウンロード」

今日は、IGV(Integrative Genomics Viewer)のダウンロード方法についてお話します。 step1 Broad InstituteのIGVページを開きます。 http://www.broadinstitute.org/software/igv/ step2右下の `Download` 部分から登録して、ダウンロードします。 IGV_(…

次世代シーケンサーデータ解析サービス

アメリエフ株式会社HPの第二世代シーケンサーのデータ解析受託サービス ページをリニューアルいたしました!! データ解析のパイプラインや詳細一覧もアップされています。 ご興味をもたれましたら、 まずはお気軽にお問い合わせください。 【お問い合わせは…

ゲノムブラウザのご紹介「IGV 2」

以前IGVについて、少しだけ紹介しました。 今日からは、GWASの解析結果をIGVで見てみましょうというテーマで書いていきます。 次世代のデータに関しては、おいおい説明させていただくということで・・・ 大まかな流れは下記のとおりです。 ■IGV(Integrative…

生物と無生物のあいだ

今日も本のご紹介です。 私が高校生だったある日、突然本を読みたくて仕方なくなり、手元にあった高校生物の教科書を熟読したことが、生物学に興味を持ったのきっかけでした。 疑問が次から次へとあふれだし、「考えることは面白いんだ」と開眼しました。 以…

統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析

キムです。 今日は最近しみじみ「買ってよかった!楽しい!」と思った本のご紹介です。 統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析−Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング−〔CD-ROM付〕 [単行本] 樋口 千洋 (著), 石井 一夫 (…