弊社では、次世代シーケンサーデータ解析システム構築のサービス（詳細はコチラ）を始めましたが、（あくまで私の）予想を超えた発注にとてもびっくりしています。 システムを構築する際に困難であったことは、弊社のシステムと普段使用しているPCでファイル…

本日は、気になる記事を御紹介します。 遺伝子ビジネスの最前線 国家プロジェクトである「オーダーメイド医療実現化プロジェクト」が始り、早9年。 （弊社もそのうちの1つとなるでしょうが）次世代シーケンサーの普及と共に 様々なバイオベンチャーが旗揚げ…

私が講師を務める、バイオインフォマティクス・スクールの様子をお伝えします。 10/22(土)にLinux基礎コースの第1回目のクラスがあったのですが、みなさん少々苦戦していました。 宿題に少々手こずったことと、授業中も実際にコマンドを打っていただくので、…

本日は、気になるコラムをご紹介します。 タイの洪水により、HDDが高騰！ 私事ですが、本日サーバーの構築業務を行っており、HDDを追加注文しようとしたところ、目的の内蔵型HDDが品薄状態となっておりました。 そこでこのニュースを発見！ 天災であるとはい…

先日は、bwaのアライメントアルゴリズムに関して記述しました。 本日は、その続編を記述致します。 よろしくお願い致します。 bwaでアライメントを行う際は、必ずReferenceゲノムのindex化が必要です。つまり、Suffix Arrayを作成しておく必要があります。 …

本日は、気になるニュースを御紹介します。 「思春期特発性側弯症 （AIS）」の疾患感受性遺伝子の1つを発見 2000名のAIS患者さんからDNAサンプルを採取し、GWAS解析を行っています。 その結果、10番染色体上に存在する3つの疾患SNP候補を同定し、その中から…

次世代シーケンサの解析を行う際、アライメントという作業を行います。 本日は、アライメントツールとしてbwaを例にとり、アライメントのアルゴリズムに関して記述していきます。 よろしくお願いします。 bwaのInformationでは、Burrows-Wheeler Transform (…

明日は、弊社の新しい事業であるバイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」の開講初日です。 （詳細はコチラ） Day1では、Linuxの基本から、基本的なLinuxのコマンド操作までをご紹介します。 計画通りにいけばよいですが・・・。 今からとても緊張し…

世界初 肉腫治療へゲノム創薬 滑膜肉腫に対するゲノム解析の結果を応用し、治療薬の開発を行ったそうです。 日本では、創薬・臨床過程の規約が厳しいため、臨床試験をすることができませんが、フランスではすでに始まったようですね。 上記の記事にも記載さ…

本日は、お気に入りのスピーチを紹介させていただきます。 iPhoneを発表するスティーブ・ジョブズ この時期に紹介すると、ミーハーな印象を与えてしまいますが、 その通りです。 まるでジョブズ劇場ですね。聞いてるだけで、ワクワクします。 コンセプトを熱…

私事ですが、大学院時代から毎年インフルエンザ予防接種を受けています。 今年は10月中旬ぐらいからだそうですが、ワクチンが遅れる可能性もあるとのこと（こちらから）。 しかしこれは、毎年ニュースになっていますね。 私は、11月初めに受けます。 ワクチ…

本日も気になる記事を紹介します。 ペスト菌、600年前から変化せず さらに詳しい情報はこちらから ペスト菌は、黒死病の原因とされている菌です。 600年前のペスト菌を採取し、Referenceとしてペスト菌CO92株とマッピングを行っています。 今回は、ペスト菌…

本日は、気になる記事を紹介します。 なぜ東日本大震災を想定できなかったか 日本地震学会が始まります。 今回の議論内容は、地震の予測ができなかったことに対する原因についてです。 人間は、自分が間違いや失敗を起こした時、まず言い訳をするように思い…

休日をいかがお過ごしでしたか？ 最近、朝晩とめっきり冷え込み、秋の到来を肌に感じています。 明日は満月です。 暦カレンダー 東京へ来て、空を見上げることが減りましたが、明日は忘れず見てみようと思います。 満月を見ると、月（ツキ）が回ってきたなと…

本日は書籍のご紹介です。 土を喰らう日々 水上 勉（著） 著者である水上さんは、幼少時代にお寺で修業をされています。 その時の炊事当番時に体験した、野菜や穀物に対する考え方、食し方について書かれた本です。 食べ物を頂くということは、その土地の土…

本日は、弊社で開講予定のバイオインフォマティクス・スクールで、“なぜLinux講座を第１科目として選んだのか”を自分なりにまとめました。 よろしくお願いいたします。 その１：解析ツールの問題 バイオインフォマティクスで使用する解析ツールは、Linux仕様…

2011年10月期バイオインフォマティクス・スクールのLinux基礎平日コースは、お申し込みが最小人数に達しませんでしたので、開講されないことが決定いたしました。 受講をご検討いただいていたみなさまにはご迷惑をおかけしますが、ご理解の程よろしくお願い…

これまでに、eigenstratに必要なファイルに関して記述致しました。 本日は、いよいよ主成分分析です。 使用するファイルを記述します。 example.geno example.ind example.snp smartpca.perl -i example.geno -a example.snp -b example.ind -k 2 -o example…

本日は、弊社で開講予定のバイオインフォマティクス・スクールの説明会に関する情報を再度記述させていただきます。 弊社のバイオインフォマティクス・スクールは、バイオインフォマティクスを通した解析技術等を体系的に訓練できる場として提供させていただ…

昨日は、eigenstratに必要なファイルとその形式を記述致しました。 本日は、それらのファイルをeigenstrat用に変換する方法を記述します。 よろしくお願いします。 ここでeigenstratに必要なファイルを再度下記に記します。 ・pedファイル ・pedindファイル …

本日は、eigenstratに必要なファイルを紹介させていただきます。 eigenstratでは、下記の3つのファイルが必要となります。 ・pedファイル ・pedindファイル ・pedsnpファイル pedファイルの形式は、plinkやmerlinのものとほとんど一緒です。 1列目： Family …

10/1(土)の第10回バイオインフォマティクス勉強会「SNPデータ解析入門」に、多くの皆さまからお申し込みをいただきありがとうございました。 定員24名いっぱいとなりましたので、募集を締め切らせていただきます。 多数のお申し込みをいただき、誠にありがと…

本日は、ゲノム情報から主成分分析を行うソフトeigenstratを紹介させていただきます。 よろしくお願いします。 Eigenstratは、主成分解析法をもちいて集団の構造化を解析し、関連検定の結果を補正するソフトウェアツールです。 ダウンロードはコチラから ま…

光より速いニュートリノ この見出しを見た時、衝撃的でした。 原因が特定できず、詳細は不明ですが、これから世界中がこの話題一色になるのではないでしょうか？（もちろん反論も含め） 知人の言葉を思い出しました。 「データに勝るものはない。」 私もそう…

本日は、10月より開講を予定しておりますバイオインフォマティクス・スクールの内容について、社内ミーティングを行いました。 お客様が何を一番知りたがってて、どういう風にストーリー展開すれば効率的か！！と白熱した議論を交わしました。 身内的な話に…

台風15号が上陸します。 そこで、弊社でも大事をとり、緊急帰宅となりました。 傘の意味はあるのか？というほどの豪雨です。 電車が止まる前に帰宅します！ ちなみに今回の台風の名前は、Roke（ロウキー）です。 毎回、チェックしています。

本日も気になる記事を御紹介します。 高血圧症の成因に関与する遺伝子を解明 4タイプの人種、計約27万人のサンプルを用いて、SNPと血圧の関係を解析したそうです。 特に“ATP2B1”という遺伝子は、血圧に関係する確立がとても高く、今回は、人種に差があるもの…

本日は、弊社で開講予定のバイオインフォマティクス・スクールに関する追加情報を記述させていただきます。 よろしくお願いします。 先日、弊社のHPおよびブログにてバイオインフォマティクス・スクールに関する記事を掲載させていただきました（HPはコチラ…

昨日に引き続き、気になる記事を記述します。 失明疾患の原因遺伝子特定 九州大学では、失明患者および健常者計2万人の遺伝子から、ゲノム解析を行い、失明疾患の原因遺伝子を特定したとのことです。 昨日も記述しましたが、次世代シーケンサーと解析技術の…

本日の日経産業新聞に“ITが導く医の進化論”という見出しがあり、次世代シーケンサーによる医学への貢献について特集されています。 記事には、主に下記の3つについて記載されています。 ・ここ8年で次世代シーケンスに要するコスト、時間の著しい変動をグラ…