先日、OSX 10.8「Mountain Lion」が販売開始されましたね。 iCloudとの連携強化などいろいろな新機能があるようですが、私が一番気になっているのが音声入力機能です。 iPhoneのSiri日本語版は、最初のうちこそ面白がっていろいろ話しかけたものですが、自分…

こんにちは、detです。 先週のakbさんの記事で、ダイエットの話がありました。 何を隠そう、昼食抜きダイエットを試みていているのは私、detです。 この4月からお酒を飲む機会が増えたせいか、私が怠惰なだけなのか わかりませんが、ズボンのウエストがどう…

暑い日が続きますね。hatです。 明日はバイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」の第二回です。 前回はLinuxの基本概念（CUIでの作業、ディレクトリ構造、アクセス権限など）についてご説明しました。 復習として、受講生の方に「作業ディレクトリの…

hatです。前回から随分開いてしまいましたが、BWA v0.5.xとv0.6.xの比較(1)のつづきです。 bwa v0.5.x系とv0.6.x系のマッピング結果の違いを、公開データを使って比較してみました。 それぞれhg19に対してマッピングして、samtools flagstatでマッピング結果…

tokunagaです。 本日は書籍のご紹介を致します。 「世界は分けてもわからない」 福岡伸一 ベストセラーとなった「生物と無生物のあいだ」の著者である福岡伸一さんの本です。 ランゲルハンス島やES細胞から、それとはまったく関係のないようなヒトの性格の差…

akbです。 最近、弊社の男性社員の間でダイエットが話題になっています。 お昼ごはんを抜くとダイエット効果があるのだそうです。 近日、"昼ごはん抜き"の効果をお知らせしてくれることでしょう。 ちなみに私は、帰宅時に一駅区間だけ歩いて帰ることにしてい…

以前の記事でcmpfastqというfastqファイルのペアエンドリードを揃えるツールをご紹介いたしました。本日は、cmpfastqの改良版である cmpfastq_peとの相違についてご紹介いたします。 cmpfastq_peはcmpfastqから以下の点を改良したバージョンのようです。 1. …

おかげさまで、この7月をもちましてアメリエフ株式会社は3周年を迎えました。 これもひとえに皆様のご指導とお力添えのおかげと深く感謝しております。 今後とも、なにとぞご支援ご愛顧を賜りますようお願い申し上げます。 今日は社員でお祝いをしました！

tokunagaです。 本格的な暑さになってまいりましたね。 外でお弁当を食べただけなのに顔が真っ赤になりました。 東京の夏は暑いと噂に聞いておりますので、暑さに少し抵抗のある九州出身とはいえ、夏バテには気をつけたいと思います。 夏バテしないためには…

なぜ、あの部門は「残業なし」で「好成績」なのか? 6時に帰る チーム術 小室 淑恵 akbです。 本日は最近読んだ書籍のご紹介です。 筆者の小室淑恵さんは、大手メーカー企業を退職後、(株)ワーク・ライフバランスを設立され、現在までに600社以上のコンサルテ…

こんにちは。detです。 以前から料理を作るのにはまっています。 自炊のメリットとしては、以下の項目があげられるでしょう。 １．緑黄色野菜などを多めに摂取することで健康に配慮できる ２．自分の好きなものを食べられる ３．外食より安い デメリットとし…

アメリエフは、新卒および経験者を募集しています。 今後の、アメリエフを創りあげていく社員として、下記のような人材像を求めています。 １．バイオインフォマティクスにチャレンジしたい人 ２．休日や余暇の時間に自己研鑽に取り組むことができる人 ３．…

tokunagaです。 明日はいよいよバイオインフォマティクス・スクールの7月期がスタートいたします。 お申込みいただきました受講者の方々へこの場を借りて深く御礼を申し上げます。 この講義を通しまして、実際の解析で「つかえる技術」を身につけていただけ…

akbです。 今日は気になるニュースのご紹介です。 「メロンのゲノム解読」 メロンの全遺伝情報（ゲノム）を解読したと、スペイン農業ゲノミクス研究センターなどの欧米チームが11日までに米科学アカデミー紀要電子版に発表した。 「バナナ原種のゲノム解読」…

こんにちは、hatです。 趣味で1年ほど前から三味線教室に通っています。 先日お稽古をしていて、楽器の演奏はシーケンシングに通じるものがあるなあと思いました。 シーケンサーが塩基を読んで結果データを出すように、私は楽譜を読んでメロディーを出してい…

こんにちは。detです。 今日は前回のQCの道 その５の続きです。 FASTX-Toolkitの使い方について、引き続き紹介いたします。 ・fastx_quality_stats FASTA/Q ファイルのリードに含まれる塩基のポジション毎の統計量を算出し、表形式で出力してくれます。FASTA…

tokunagaです。 本日も、変異を検出した後のアノーテーションに役立つサイトのご紹介をしたいと思います。 前回の記事(MutationaTaster)はこちらです。 【Likelihood Ratio Test Query:LRT】 http://www.genetics.wustl.edu/jflab/lrt_query.html コドンの保…

こんにちは、detです。 FASTX-Toolkitの連載は一回休憩を頂きまして、 気分転換のお話をさせて頂けたらと思います。 皆様の中には、お仕事や研究で忙しい日々を送られている方も 多いかと思いますが、お休みは取られていますでしょうか。 やはり、日々集中し…

レバレッジ・リーディング 本田 直之 akbです。 本日は最近読んだ書籍のご紹介です。 著者である本田直之さんは、複数の企業の取締役を務めながら、年間400冊以上の本を読まれています。 本書には、『なぜ"速読"ではなく"多読"なのか』『なぜ多忙でありなが…

hatです。 次世代シーケンシングデータのQCツールとして、一番使われているのがFastQCだと思います。 FastQCは非常に高機能なツールなのですが、「ポジションごとのクオリティスコア分布図」で、ポジション10bp以降の領域がグループ化されてしまうのだけが残…

tokunagaです。 本日は、変異を検出した後のアノーテーションに役立つサイトのご紹介をしたいと思います。 【MutationTaster】 http://www.mutationtaster.org/ ・論文 http://www.nature.com/nmeth/journal/v7/n8/abs/nmeth0810-575.html 配列上の変異が疾…

こんにちは。detです。 今日は前回のQCの道 その４の続きです。 FASTX-Toolkitが持つ機能について、引き続き紹介いたします。 ・fastx_artifacts_filter FASTA/Q の各リードにおいて、塩基が特定の種類に偏っている場合にそのリードを除去してくれます。他の…