tokunagaです。 今日はVCFtoolsについてご紹介したいと思います。 URL:http://vcftools.sourceforge.net/ VCFToolsは、NGSのデータ解析で出力されたVCFファイルを加工するのに役に立つツールです。 VCFtoolsを使用する際にはbgzip、tabixの使用が必要となり…

皆様、こんにちは。 前回に引き続きPythonについて記事を書かせていただきます。 実は、日本ではPythonの知名度はあまり高くありません。 我々の業界でもPerlやRubyの方がよく使われているように感じます。 実際に、前の記事で紹介したPyConでもwebサービス…

Pythonというプログラミング言語があります。 海外では人気がある言語でして、読みやすさとモジュールの豊富さで日本でもじわじわと人気が出てきている言語です。 つい先日、Pythonのコンファレンス PyConJP 2012 が東京で開催されました。日本中のPython使…

心を整える。 勝利をたぐり寄せるための56の習慣 長谷部誠 「私は本番に弱いんです」こういう方、多いと思います。学会発表、スポーツの大会、結婚式のスピーチ、試験、就職活動…色々な本番がありますが、苦手な人は少なくないと思います。私もはっきり言っ…

バイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」2012年10月期の募集を開始しました。 「Linuxやプログラミングを始めたいけど、最初の一歩がなかなか踏み出せない」という方にお勧めプログラムです。 第1回 10月06日（土）13:30〜15:30 Linuxとは 第2回 10…

Linux上で、いろんなソフトやアプリケーションの複数のバージョンを使い分けたい時ってありますよね。 そんな時に、重宝するのが、[alternatives] というコマンドです。 このコマンドを使うと、簡単にソフトのバージョンを切り替えて使用することができます…

akbです。 明日はバイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」の第五回です。 前回はFastQC、BWA、SAMtoolsなどのツールを用いた次世代シーケンスデータの解析を行いました。 第五回のテーマは前回に引き続き次世代シーケンスデータの解析です。 今回は…

akbです。 今日はLinuxコマンドの便利なオプションを ご紹介したいと思います。 ①ファイルやディレクトリの検索 $ find [パス][オプション][ファイルまたはディレクトリ名] 【optionの説明】 -name <パターン>: ファイル名がパターンと同じファイルを検索す…

tokunagaです。 本日は気になるニュースを財経新聞で見つけましたのでご紹介いたします。 DNAを記録メディアにする試み そしてDNAの記録メディア化を実践したハーバード大学のGeorge Church氏らの論文も見つけました。 Next-Generation Digital Information …

9/1(土)に東北大学 長崎正朗教授をご招待して開催した、バイオインフォマティクス勉強会「Exome解析」が大盛況のうちに終了しました。 長崎先生には、クオリティコントロールの注意点やマッピングソフトウェアの比較結果をはじめとした貴重なノウハウをご紹…

tokunagaです。 エラーが出力されるのってありがたいですよね。 原因のヒントも出してくれますし、なにより、これでは「動かない」ということを示してくれます。 この間とあるコマンドを実行したら、回りっぱなしでうんともすんとも言わないという状態になり…