tokunagaです。 本日はBioinfomaticsで気になる記事を見つけましたのでご紹介いたします。 Bioinformatics. 2012 Nov 4 PBSIM: PacBio reads simulator–toward accurate genome assembly Ono Y, Asai K, Hamada M PacBioのシーケンサーから出力されるリード…

12月15日(土)に開かれる第19回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 今回の勉強会は下記の2部構成で開講させていただきます。 第一部：「はじめてのLinux〜コンパウンドヘテロを探してみよう〜」 第二部：「SNPデータ解析入門」 第一部はLinuxの超…

山口です。 米国サンフランシスコで開催されている、 アメリカ人類遺伝学会（ASHG）に参加しています。 特にブースなどを出展したり、発表があるわけではありませんが、 勉強のために来ています。 初めての参加でしたが、約7000人の参加者があるそうで、 日…

「短期間で修了したい」「平日に開催してほしい」 というご要望にお応えしました。 ☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆ ☆ バイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」に ☆ 短期コースを開講します！ ☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆ ■開催日： 2013年2月7・8日…

皆様、こんにちは。detです。前回に引き続きまして、1000人ゲノムプロジェクトJPTデータの解析に関する記事を書かせていただきます。 前回は88人の1000ゲノムJPTサンプルに対して、Reseq パイプラインでデータ解析した結果から、リードのクリーニング結果と…

hatです。 先日、インフルエンザの予防接種を受けてきました。 今年のワクチンには以下の3株が入っているそうです。 一番上のH1N1は2009年にパンデミック（世界的な大流行）を引き起こした株です。 ・A/カリフォルニア/7/2009(H1N1) ・A/ビクトリア/361/2011…

tokunagaです。 本日は以前ご紹介したVCFtoolsでちょっと気になっていたコマンドを調べましたのでご紹介したいと思います。 vcf-compareというVCFファイル同士の簡単な比較を行ってくれるコマンドです。 前回ご紹介したように前処理としてVCFファイルをbgzip…

皆様、こんにちは。detです。 akbさんに引き続きまして、1000人ゲノムプロジェクトJPTデータの解析に関する記事を書かせていただきます。 前回の記事の目的に従いまして、今回は、1000人ゲノムのデータベースに含まれる100程度の日本人サンプルから88サンプ…

akbです。 「日本人類遺伝学会 第57回大会」に出展いたしました。 弊社のポスター発表、ならびにブースまで足を運んでくださった皆さま方に、この場をかりて厚く御礼申し上げます。 本日から「日本人類遺伝学会 第57回大会」で発表させていただいたポスター…

私は生物学出身なのですが、学生時代は生物の「行動」に興味があり、分子生物学はあまり身を入れて勉強していませんでした。 そのつけがたたり、バイオインフォマティクスのお仕事をさせていただくようになった当初はわからないことだらけでした。 この業界…

tokunagaです。 本日は書籍をご紹介したいと思います。 仕事の速い人が使っている 問題解決フレームワーク44 西村克己 タイトルの通り、問題解決に導くための44つのフレームワークについて説明されています。 各フレームワークの概念の説明には文字だけでな…

なぜマッキンゼーの人は年俸1億円でも辞めるのか? 田中 裕輔 この本はマッキンゼーで働く人が高額年俸でも辞める理由を解明する本ではありません。マッキンゼーに入社した著者が等身大で成長の様子を綴って独立するまでが書かれています。そのためか、アマゾ…

2012年10月24日（水）〜27日（土）に東京で開催される 「日本人類遺伝学会 第57回大会」に出展いたします。 ■ 展示内容 ・次世代シーケンスデータ解析サービス ・SNP/CNV/メチル化データ解析サービス ・出張サポートサービス ＊解析オペレーション ＊公開ツ…

tokunagaです。 会社説明会のご案内です。 アメリエフ株式会社説明会 【日時】 平成24 年10 月20 日（土）13:00 【場所】 東京都立産業貿易センター 浜松町館6階 【対象】 2014年卒業(修了)見込みの方 ※既卒の方、中途採用希望の方も大歓迎です より深く弊社…

10月20日(土)に開催される、【第18回バイオインフォマティクス勉強会】のご案内です。 今回のテーマは、「ChIP-seqデータ解析入門」です。 ChIP-seq（クロマチン免疫沈降法によるNGSシーケンス）結果のデータ解析につきまして、流れやコマンドラインなどをご…

tokunagaです。 昨日からパシフィコ横浜で開催されておりますBio Japan 2012に出展中です。 会場が広くて迷子になりそうです。 Bio Japanを通してさらに多くの方々に弊社のことを知っていただき、ご縁を作れたらと思っております。 こちらは弊社のブースの写…

tokunagaです。 先日Linux基礎の7月期が終了いたしました。 参加者の皆様、この３ヵ月間お疲れ様でした。講義終了後のお茶会でご意見、ご感想をお聞かせいただきありがとうございました。 今まで全くわからなかったけれど講義を通してNGS解析の流れが理解出…

皆様こんにちは。 今回はCentOSの64bit版でPythonをupgradeする方法をご紹介いたします。 現行のPythonには大きく分けて 2.x と 3.x の二つのバージョンがあります。当然3.xの方が新しいのですが、2.xへの後方互換性に乏しい面があり、当面は2.xが主流です。…

akbです。 本日は書籍のご紹介です。 美しい日本語と正しい敬語が身に付く本 (日経ホームマガジン 日経おとなのOFF) 日本経済新聞（9月21日）に気になるニュースがありました。 「国語に関する世論調査を行ったところ慣用表現に誤答が多くみられた」というニ…

先月、ENCODEプロジェクトから約30報の論文が発表されました。 これを個人で全部読むのは大変だということで、東大の尾崎さんが音頭をとってくださった「皆で集まってENCODE論文を一気に輪読する会」に参加してきました。 東京会場・大阪会場・仙台会場をPol…

tokunagaです。 今日はVCFtoolsについてご紹介したいと思います。 URL:http://vcftools.sourceforge.net/ VCFToolsは、NGSのデータ解析で出力されたVCFファイルを加工するのに役に立つツールです。 VCFtoolsを使用する際にはbgzip、tabixの使用が必要となり…

皆様、こんにちは。 前回に引き続きPythonについて記事を書かせていただきます。 実は、日本ではPythonの知名度はあまり高くありません。 我々の業界でもPerlやRubyの方がよく使われているように感じます。 実際に、前の記事で紹介したPyConでもwebサービス…

Pythonというプログラミング言語があります。 海外では人気がある言語でして、読みやすさとモジュールの豊富さで日本でもじわじわと人気が出てきている言語です。 つい先日、Pythonのコンファレンス PyConJP 2012 が東京で開催されました。日本中のPython使…

心を整える。 勝利をたぐり寄せるための56の習慣 長谷部誠 「私は本番に弱いんです」こういう方、多いと思います。学会発表、スポーツの大会、結婚式のスピーチ、試験、就職活動…色々な本番がありますが、苦手な人は少なくないと思います。私もはっきり言っ…

バイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」2012年10月期の募集を開始しました。 「Linuxやプログラミングを始めたいけど、最初の一歩がなかなか踏み出せない」という方にお勧めプログラムです。 第1回 10月06日（土）13:30〜15:30 Linuxとは 第2回 10…

Linux上で、いろんなソフトやアプリケーションの複数のバージョンを使い分けたい時ってありますよね。 そんな時に、重宝するのが、[alternatives] というコマンドです。 このコマンドを使うと、簡単にソフトのバージョンを切り替えて使用することができます…

akbです。 明日はバイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」の第五回です。 前回はFastQC、BWA、SAMtoolsなどのツールを用いた次世代シーケンスデータの解析を行いました。 第五回のテーマは前回に引き続き次世代シーケンスデータの解析です。 今回は…

akbです。 今日はLinuxコマンドの便利なオプションを ご紹介したいと思います。 ①ファイルやディレクトリの検索 $ find [パス][オプション][ファイルまたはディレクトリ名] 【optionの説明】 -name <パターン>: ファイル名がパターンと同じファイルを検索す…

tokunagaです。 本日は気になるニュースを財経新聞で見つけましたのでご紹介いたします。 DNAを記録メディアにする試み そしてDNAの記録メディア化を実践したハーバード大学のGeorge Church氏らの論文も見つけました。 Next-Generation Digital Information …

9/1(土)に東北大学 長崎正朗教授をご招待して開催した、バイオインフォマティクス勉強会「Exome解析」が大盛況のうちに終了しました。 長崎先生には、クオリティコントロールの注意点やマッピングソフトウェアの比較結果をはじめとした貴重なノウハウをご紹…