ファイルの各行を並び替えるにはsortコマンドを使います。 sortコマンドにはオプションがたくさんあります。 例えば、-nで数値としてソートしたり、-rで逆順にしたり、 -kで並び替えに使う列を指定したりできます。 また、大きいファイルをソートして途中で…

hatさんの「wc」コマンドに引き続き、「chown」コマンドの覚え方です。 「chown」はファイルやディレクトリの所有者を変更するLinuxコマンドです。次のように使います。 $ chown user:group FILE これで、FILEの所有者と所属グループが変更されます。 chown…

前回に引き続き、今回は次世代シーケンサーを用いて構造多型（SV）を検出するもう一つの方法、Paired-end mappingを用いた方法についてご紹介します。 マップされなかったreadを用いていたSplit-read mappingと異なり、Paired-end mappingでは、マップされた…

「遺伝的アルゴリズム（以後GA）」とは、生物の進化を模倣した最適化アルゴリズムです。 「無数のルートの中から近道を探す」というような問題のように、複数の選択肢の中から最適なもの（解）を選択したいときがあります。そんなときは、最適化アルゴリズム…

「wc」はファイルの行数、単語数、バイト数を表示するコマンドです。 次のように使います。 $ wc FILE 12 27 176 FILE 実行してはみたものの、どれが行数でどれが単語数かわからなく なることはありませんか？ありますね！ あるいは、3つ目の数字が何を示す…

本屋さんに来年の手帳が並ぶようになりました。 いろいろなものがあって、見ているだけでも楽しいですね。 私はここ2年ほど、この手帳を使っています。 「超」整理手帳 スケジュール・シート スタンダード2014 野口 悠紀雄 それまで手帳を買ってもひと月くら…

凡人を達人に変える７７の心得 野村監督の初の電子書籍だそうです。自身の野球哲学をビジネスに応用し、ビジネスマンの心得としてまとめています。kindleだと価格もお手頃です。 ７７の心得のうち個人的に印象的だった一つは、「目上の人からほめられている…

構造多型の検出原理。この記事ではSplit-read mappingを用いる方法を解説します♪

家系解析を行っている方は、家系図を描く機会が多いのでは ないでしょうか。 kinship2というパッケージを使うと、Rで家系図を描くことができます。 （１）家系図情報ファイルの作成 以下の内容のテキストファイルを作成します。 id father mother sex name 1…

独立行政法人科学技術振興機構（JST）バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）が、ヒトデータに関するデータベースを共有するためのプラットフォームとして、「NBDCヒトデータベース」の運用を開始したそうです。 http://humandbs.biosciencedbc.jp/ …