アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

2013-02-01から1ヶ月間の記事一覧

TED

きむです。お久しぶりです。 最近、TED(Technology Entertainment Design)にはまっています。 http://www.ted.com/talks 非常に有名なサイトだそうで、ご存知の方も多いと思います。 NHKでも放送されています。 彼らのミッションは「アイデアを広める」こ…

第21回バイオインフォマティクス勉強会「バイオ研究者のためのR活用講座」開催のお知らせ

今回の勉強会では、アレイ解析、GWAS、NGS解析、検定における 統計解析パッケージRの活用方法を実例を交えてご紹介いたします。 記 日時:2013年3月23日(土) 15:30〜17:00 場所:東京ライフサイエンスインキュベーションセンター会議室A (東京都立産業貿易…

関西事業所のご紹介

2013年2月1日より、アメリエフ株式会社の関西事業所を神戸ポートアイランド内に開設しました。 多数のご要望をいただきました「バイオインフォマティクス・スクール/勉強会」の関西開催は、こちらの会場で行います。 <所在地> 兵庫県神戸市中央区港島中町2-1…

coverageBedの使い方(2)

coverageBedの使い方(1)のつづきです。 ■カバレッジ計算 マッピング結果とゲノム、2つのBEDが用意できたら、以下のコマンドでカバレッジを計算します。 $ coverageBed -a map.bed -b genome.bed 以下のような結果が出力されます。 chr1___0__249250621__1…

coverageBedの使い方(1)

以前、bedtoolsの一つであるintersectBedの使い方についてご紹介しましたが、今回はcoverageBedについてご紹介します。 マッピング結果がどのくらいゲノム全体をカバーできているか知りたい時、coverageBedを使うとカバレッジが簡単に計算できます。 ■用意す…

春を待つ

きむです。 まだまだ寒い日が続きます。 春が待ちきれず、気象庁の「2013年のさくらの開花」ページを開いてみました。 なんと、沖縄県の石垣島では、1月22日にひかんざくらの開花が観測されていました。 関東地方はまだ真っ新ですが、これから桜前線が北上し…

なにもしない

私はずっと、緩い言語の極致であるPerlを使ってきたので、 同じ感覚でPythonを使っているとインデントや型などが適当で、 「ちゃんとしろ」と怒られることが多いです。 私がPythonでおもしろいと思ったのは、 「なにもしない」というpassという命令文がある…

snpEffデータベースの作成方法

snpEffとは、SNVやIndelなどの変異にアノテーション付けをしてくれるソフトの事です。 既に広く解析されている生物種の場合は、snpEff内にアノテーションのデータベースが揃っていますが、多少マニアックなものだとデータベースが無い場合もあります。その際…

語学留学

最近、英会話を勉強しているakbです。 英会話の勉強方法として1番良い方法は何ですか?と質問すると、大抵、答えは、「英語が母国語の方とたくさん話すこと」です。そして「留学が、もっとも早く、そして効率良く語学を習得できる」と続きます。 今の私にと…

miRNA-Seq解析の論文

最近のPLoS Oneに載っていたmiRNA-Seqの論文をご紹介します。 Bansal A, et al. Discovery and Validation of Barrett's Esophagus MicroRNA Transcriptome by Next Generation Sequencing. PLoS One. 2013;8(1):e54240. Epub 2013 Jan 23. PubMed PMID: 233…

英語を学び直す

ネイティブの子供を手本にすると 英語はすぐ喋れる (青春新書インテリジェンスシリーズ) 晴山 陽一 日本と海外を隔てる大きな壁の一つに英語の問題があります。日本人は学校で英語を学習してきているので、基礎はある程度身についているはずですが、なぜか話…