7月1日はアメリエフの設立四周年記念日でした！ 土用の日も近いということからか、弊社では、設立記念日前後の社員が集まれる日にウナギを食べる習慣があります。 ということで、今年もうな重の出前をを取ってみんなでいただきました。 ごちそうさまでした。

シーケンシングデータをFastQCなどでチェックしていると アダプタ配列が混入しているのを見つけることがあります。 アダプタ除去ソフトウェアはいろいろありますが 今回は以下の3ソフトウェアの使い方をご紹介します。 cutadapt FastX-Toolkit（fastxclipper…

統計の検定手法にはいろいろありますが、 「こういう場合は××検定を使うのが良い」と言われているものを そのまま使っている方が意外と多いのではないでしょうか （私もそうです）。 もっと統計への理解を深めたいと思って本屋さんに行ったところ、 生物統計…

最も広く利用されているマッピングソフトの一つにbwaがあります。bwaは2011年にリリースされたバージョン0.6が広く使用されてきましたが、今年の2月末にバージョン0.7がリリースされました。0.7ではBWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEMの、三種類のアルゴリズム…

6月23〜28日に開催されたBioHackathon2013に参加してきました。 初日のシンポジウム＠スカイツリーでは、日本SGI様と共同で ドリンクコーナーのスポンサーをさせていただきました。 二日目以降はライフサイエンス統合DBセンターで、 ひたすらハッキングしま…

第24回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 昨年12月に東京で好評だった「SNPデータ解析入門」を神戸会場にて開催いたします。 タイリングアレイ（Microarray）や次世代シーケンサー（NGS）により得られたSNPタイピング情報から、GWAS解析や連鎖解…

変異の絞り込み 【1】論文紹介 変異の絞り込み 【2】変異検出 前回は、LCA患者とその両親のトリオのfastqデータをダウンロードし、変異検出まで行いました。 今回は、主題である疾患関連変異候補の絞り込みについてお話します。 絞り込みの流れは、以下の通…

ライフサイエンスを学ぶ学生(学部生・修士課程)の方を対象に、バイオインフォマティシャン養成プログラムを開催いたします。 必修科目では、バイオインフォマティクスの基本となるLinux操作や、プログラミング言語perlを用いた簡単なプログラミングを学びま…