第26回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 NGS現場の会 第三回研究会でご好評いただいた内容を、10月に東京で、11月に神戸で開催いたします。 お手持ちのPC（Mac/Linux）でNGS解析を始めたい方に、公開データを用いたデータ解析手法をご紹介しま…

構造多型(Structural Variation、SV) の種類一覧！

藤田晋の仕事学 自己成長を促す77の新セオリー 日経ビジネスアソシエ この本は、サイバーエージェント社長の藤田晋氏によって書かれた、仕事の現場で役に立つ様々な考え方やTIPSが纏められた本です。似たようなコンセプトの本は多くありますが、この本は著者…

内輪事ですが、弊社では今月、健康診断があります。私にとっては、社会人になって初めての健康診断です。世間的にはまだ健康を気にするような歳ではありませんが、日ごろの生活習慣を見つめなおす良い機会だと思っています。 さらに私事ですが、数か月前にア…

WebLogoを使うと、複数配列の塩基の構成比を描画することができます。 以下に示すのは、miRBaseから取得した、ヒト、チンパンジー、ゴリラ、 マウス、ラットのmir-25配列です。 >hsa-mir-25 MI0000082 GGCCAGUGUUGAGAGGCGGAGACUUGGGCAAUUGCUGGACGCUGCCCUGGGC…

変異の絞り込み 【1】論文紹介 変異の絞り込み 【2】変異検出 変異の絞り込み 【3】候補の絞り込み方 変異の絞り込み 【4】公開データベースを用いた候補の絞り込み 変異の絞り込み 【4.5】お詫びと訂正 変異の絞り込み 【5】変異のクオリティとインパクト …

構造変異の論文などでよく見かけるこのような図は Circosというソフトウェアで描くことができます。 Circosのサイトより ◆Circosのインストール http://circos.ca/software/download/circos/から適当なバージョンのアーカイブをダウンロードして解凍します。…

変異の絞り込み 【1】論文紹介 変異の絞り込み 【2】変異検出 変異の絞り込み 【3】候補の絞り込み方 変異の絞り込み 【4】公開データベースを用いた候補の絞り込み 変異の絞り込み 【4.5】お詫びと訂正 変異の絞り込み 【5】変異のクオリティとインパクト …

Rの非常に有名なテストデータの一つ「iris」は、 アヤメの花弁の長さ・幅、ガクの長さ・幅のデータです。 ※アヤメのガクは、黄色い筋が入っていて外に垂れ下がっている部分です。 setosa（セトサ）種、versicolor（バージカラー）種、 virginica（バージニカ…

前回のドラマ紹介に引き続き、今回は映画を紹介させていただきます。2作品とも、人間の遺伝子操作を題材にしたSF映画です。 まず、いわずと知れた名作「GATTACA（1997年、邦題：ガタカ）」です。出生前の遺伝子操作により遺伝的にあらゆる面で優秀な「適正者…

変異の絞り込み 【1】論文紹介 変異の絞り込み 【2】変異検出 変異の絞り込み 【3】候補の絞り込み方 変異の絞り込み 【4】公開データベースを用いた候補の絞り込み 変異の絞り込み 【4.5】お詫びと訂正 さて、前回に引き続き変異を絞り込んでいきます。 第3…

自分のアタマで考えよう ちきりん 物事を深く論理的に考えるときに有効な道具として、フレームワークがあります。ビジネスでよく使われる物としては、3C分析や、4P分析などがありますね。「フレームワーク」で検索するだけで大量のページがヒットするくらい…

Bio-SamToolsを使ってBAMから情報を抜き出す方法をご紹介します。 例えば、あるBAMファイルのchr21:19,660,000-19,660,600の領域に マップされたリードの「ID」と「アライメント位置」と 「ペアワイズアライメント結果」を表示したい場合には、 次のようなPe…

弊社代表からビジネスのちょっとした講義を受けた際に、自社の強みを見つけて同業他社との差別化を図る、というマーケティング戦略を学びました。私も、今のところは留学経験を自分の強みにして、個人レベルでの差別化を意識し、会社の成長とお客様の研究活…

変異の絞り込み 【1】論文紹介 変異の絞り込み 【2】変異検出 変異の絞り込み 【3】候補の絞り込み方 変異の絞り込み 【4】公開データベースを用いた候補の絞り込み 第4回の記事の訂正です。 公開データベースを用いた絞り込みの例として、QmergeVCFでdbSNP…