楽しくコマンドを覚える・３

システム

ファイルの各行を並び替えるにはsortコマンドを使います。 sortコマンドにはオプションがたくさんあります。例えば、-nで数値としてソートしたり、-rで逆順にしたり、 -kで並び替えに使う列を指定したりできます。また、大きいファイルをソートして途中で…

2013-10-23

楽しくコマンドを覚える・２

システム

hatさんの「wc」コマンドに引き続き、「chown」コマンドの覚え方です。「chown」はファイルやディレクトリの所有者を変更するLinuxコマンドです。次のように使います。 $ chown user:group FILE これで、FILEの所有者と所属グループが変更されます。 chown…

2013-10-18

構造多型の検出原理2

次世代シーケンサ解析

前回に引き続き、今回は次世代シーケンサーを用いて構造多型（SV）を検出するもう一つの方法、Paired-end mappingを用いた方法についてご紹介します。マップされなかったreadを用いていたSplit-read mappingと異なり、Paired-end mappingでは、マップされた…

2013-10-17

遺伝的アルゴリズム

システム

「遺伝的アルゴリズム（以後GA）」とは、生物の進化を模倣した最適化アルゴリズムです。「無数のルートの中から近道を探す」というような問題のように、複数の選択肢の中から最適なもの（解）を選択したいときがあります。そんなときは、最適化アルゴリズム…

2013-10-15

楽しくコマンドを覚える・１

システム

「wc」はファイルの行数、単語数、バイト数を表示するコマンドです。次のように使います。 $ wc FILE 12 27 176 FILE 実行してはみたものの、どれが行数でどれが単語数かわからなくなることはありませんか？ありますね！あるいは、3つ目の数字が何を示す…

2013-10-11

来年の手帳

よもやま話

本屋さんに来年の手帳が並ぶようになりました。いろいろなものがあって、見ているだけでも楽しいですね。私はここ2年ほど、この手帳を使っています。「超」整理手帳スケジュール・シートスタンダード2014 野口悠紀雄それまで手帳を買ってもひと月くら…

2013-10-10

野村監督の仕事哲学

書籍の紹介

凡人を達人に変える７７の心得野村監督の初の電子書籍だそうです。自身の野球哲学をビジネスに応用し、ビジネスマンの心得としてまとめています。kindleだと価格もお手頃です。７７の心得のうち個人的に印象的だった一つは、「目上の人からほめられている…

2013-10-09

構造多型の検出原理1

次世代シーケンサ解析

構造多型の検出原理。この記事ではSplit-read mappingを用いる方法を解説します♪

2013-10-03

Rで家系図描画

統計解析ソフトR

家系解析を行っている方は、家系図を描く機会が多いのではないでしょうか。 kinship2というパッケージを使うと、Rで家系図を描くことができます。（１）家系図情報ファイルの作成以下の内容のテキストファイルを作成します。 id father mother sex name 1…

2013-10-01

NBDCヒトデータベース運用開始

バイオインフォマティクス

独立行政法人科学技術振興機構（JST）バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）が、ヒトデータに関するデータベースを共有するためのプラットフォームとして、「NBDCヒトデータベース」の運用を開始したそうです。 http://humandbs.biosciencedbc.jp/ …

2013-09-30

第26回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるゲノム解析@東京」開催のお知らせ

勉強会

第26回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 NGS現場の会第三回研究会でご好評いただいた内容を、10月に東京で、11月に神戸で開催いたします。お手持ちのPC（Mac/Linux）でNGS解析を始めたい方に、公開データを用いたデータ解析手法をご紹介しま…

2013-09-26

構造多型の検出

次世代シーケンサ解析

構造多型(Structural Variation、SV) の種類一覧！

2013-09-25

オーソドックスな仕事のセオリー

書籍の紹介

藤田晋の仕事学自己成長を促す77の新セオリー日経ビジネスアソシエこの本は、サイバーエージェント社長の藤田晋氏によって書かれた、仕事の現場で役に立つ様々な考え方やTIPSが纏められた本です。似たようなコンセプトの本は多くありますが、この本は著者…

2013-09-24

遺伝子検査

バイオ

内輪事ですが、弊社では今月、健康診断があります。私にとっては、社会人になって初めての健康診断です。世間的にはまだ健康を気にするような歳ではありませんが、日ごろの生活習慣を見つめなおす良い機会だと思っています。さらに私事ですが、数か月前にア…

2013-09-20

WebLogoを使ってみよう

バイオインフォマティクス

WebLogoを使うと、複数配列の塩基の構成比を描画することができます。以下に示すのは、miRBaseから取得した、ヒト、チンパンジー、ゴリラ、マウス、ラットのmir-25配列です。 >hsa-mir-25 MI0000082 GGCCAGUGUUGAGAGGCGGAGACUUGGGCAAUUGCUGGACGCUGCCCUGGGC…

2013-09-17

変異の絞り込み　【7】　罹患同胞を用いた絞り込み

次世代シーケンサ解析

変異の絞り込み【1】論文紹介変異の絞り込み【2】変異検出変異の絞り込み【3】候補の絞り込み方変異の絞り込み【4】公開データベースを用いた候補の絞り込み変異の絞り込み【4.5】お詫びと訂正変異の絞り込み【5】変異のクオリティとインパクト …

2013-09-12

Circosを使ってみよう

バイオインフォマティクス

構造変異の論文などでよく見かけるこのような図は Circosというソフトウェアで描くことができます。 Circosのサイトより ◆Circosのインストール http://circos.ca/software/download/circos/から適当なバージョンのアーカイブをダウンロードして解凍します。…