先日、地元の高田公園（新潟県上越市）でお花見をしてきました。 高田公園は、徳川家康の六男・松平忠輝が築いた高田城の跡地にあります。 春は桜が空を覆う勢いで咲き誇り、夏は広いお濠を埋め尽くすように蓮が広がります。 秋は紅葉がきれいで、冬は雪が積…

Gene Mapper -core- (ジーン・マッパー コア) Fujii Taiyo 今回ご紹介するのは、遺伝子組み換えをテーマにしたSF小説です。 新しいマッピングソフトウェアの名前みたいですね（笑） 西暦2037年、生物のゲノム配列はソフトウェアのプログラムのように 容易に…

akbです。 2013年度はバイオインフォマティクスに役立つ卓上カレンダーを学会や弊社の勉強会で配布しました。Linuxコマンドの覚え方（語呂合わせ）など、ちょっとマニアックな内容になっておりましたが、大変ご好評をいただき、お手にとっていただきました。…

以前、Rのgrep()についての記事で、grep()は文字列のベクトルにのみ使えるとご紹介しましたが、今回はマトリクスやデータフレームではどうしたらよいか？という記事です。 例として以下のような文字列のマトリクスを用意しました。 1列目が季節、2列目が英語…

先日、数年ぶりに同い年の従兄弟に会いました。彼は正規表現の研究をしています。具体的にどんな研究をしているのか想像できないのですが、日頃からお世話になっている技術なので、お礼を言っておきました。 ということで、正規表現を使って、数値を3ケタの…

Pythonで計算結果を小数点以下まで得たい時、単純に val = 3 / 10 としてしまうと、結果が0になります。 val = float(3) / 10 のように、どちらかをfloat型にして計算すると0.3が返ってきます。 Perlだと $val = 3 / 10; で0.3が返ってくるので、Pythonでも…

SomaticSniperについての続きです。 SomaticSniperを実際に動かしてみます。 SomaticSniperはCentOSでも問題なく動作しますが、Ubuntuでの使用が推奨されています。 基本的な実行コマンドは下の通りになります。 必要なファイルは腫瘍サンプルと、ペアとなる…

東京にいる社員で、3/31に年度納め会をしました。 弊社オフィス近くの世界の山ちゃんにて、おいしい手羽先とお酒を頂いた後、夜桜を眺めに上野公園へ移動しました。 私たちが到着した時間には、残念ながらライトアップの光は消灯されておりましたが、公園の…

本日4月4日(金)14:00より、全社員研修のため営業をお休みをさせていただきます。 ご不便をお掛け致しますが、何卒ご了承くださいますよう宜しくお願い申し上げます。

以前、heshiさんがSomatic Mutationを検出するツールについてのブログ記事を書かれましたが、そのうちSomaticSniperについて少しご紹介します。 ・論文:（SomaticSniper: identification of somatic point mutations in whole genome sequencing data. Bioin…

会社（神田）の近くに鰻屋さんが三軒あります。 私は大学時代のあだ名が「うなぎ女」だったくらい鰻が好きなので、 会社帰りに鰻丼をテイクアウトしたり、鰻屋の座敷で白焼きや肝串を肴に 焼酎を呑んだりして、しみじみ幸せを感じています。 発作的に鰻を食…

あるディレクトリに含まれているファイルのサイズを知りたい場合に、「du」というコマンドを使います。 $ du このコマンドを実行するとカレントディレクトリ以下の全ディレクトリのファイルのサイズを再帰的に、つまり一番深い階層のディレクトリまで全部表…