2009年の創業以来、「実践的な学びと人のつながりを生み出す場」を目指し開催して参りました、バイオインフォマティクス勉強会も、みなさまに支えられ37回を数えるまでになりました。 今回の"大"勉強会では、これまでの勉強会とは趣向を変え、4名の先生をお…

2014年8/6（水）〜7（木）、徳島大学 蔵本キャンパス図書館にて、「Perl入門」を講義させていただきました。 実習では「ここはこうしたらいいんじゃないか」と活発なアイデアが飛び交い、早速Perlを使いこなしていただいているのが嬉しく、講師冥利につきる…

2014年9月に入社いたしましたkitanoと申します。 初めてのブログ投稿なのでkitanoの自己紹介をしたいと思います。 生まれは九州、熊本県熊本市。海の近くで育った野生児です。 高校までは熊本で過ごし、格闘技と合唱に青春時代を費やしました。 大学は滋賀県…

BEDtoolsは何かと便利なツールです。当ブログでも、intersectBedの記事のページがアクセスランキング上位になっています。。 つい最近までBEDtoolsのバージョンはずっと前にインストールした2.13を使っていましたが、先日より新しいバージョンのものを使った…

夏期休暇を頂き、地元沖縄に帰省しておりました。 なんと偶然同じタイミングで、海外から友人が沖縄に遊びに来ていたので、一緒に観光しました。こういう機会がなければ、わざわざ地元を観光することも無いので、とても有意義に過ごすことができました。 実…

Rでヒートマップ図を描く時、gplotsパッケージに用意されている色のセットを使うと、色指定が楽です。> install.packages('gplots')> library(gplots)論文などを見ていると、最近は青→白→赤が多いような気がするのは私だけでしょうか。青→白→赤は、「bluered…

特定の文字列を含む行を抜き出す便利なコマンドgrep。 最近便利に使っているオプションをご紹介します。 それは grep -c 。 grepコマンドで取得できた行数を出力してくれるオプションです。cはcountのcと覚えています。 これを知らなかったときは、grepコマ…

hg20/GRCh38が出る と浮かれていた、去年の夏。 やっと出たhg38（hg20という名前では無かった）をダウンロードして 染色体の長さやNの数を調べた 今年の正月。 それで満足してその後hg38のことはすっかり忘れていましたが、 気が付くと8月も後半。小学生は夏…

akbです。 先週の土曜日はアメリエフ京都支店から「五山送り火」を見てきました。当日は雨がぱらつき、点火への影響が心配されましたが、無事に見ることができました。後から新聞で知ったのですが、５１年ぶりに点火時間が変更されたそうです。 京都市内では…

東京は7月がお盆だそうですが、地元（新潟）は8月がお盆です。 お正月には神社で手を叩き、お盆には仏壇に手を合わせ、クリスマスにはケーキを食べる無節操な私ですが、いちおう仏教徒のつもりでおります。 実家の宗旨は曹洞宗なのですが、曹洞宗はお経が長…

寝苦しい夜が続きますが、みなさまよく眠れていらっしゃいますか。 安眠に効くという「塩まくら」がお店に売っているのを見ました。 塩が詰まった枕だそうで、塩の効果でよく眠れるそうです。 売っていた「塩まくら」は小さいのに2000円くらいして割高感を感…

初めまして 。Unyanee (アンヤー二ー) ともうします。タイから来ました。よろしくお願いします。 We have just finished Amelieff's second quater meeting. During the meeting, I had a chance to eat Unagi-don for lunch. The size of the eel was so im…

hatです。 8月第二週は、日本各地のお客様から出張トレーニングのご注文をいただきまして、5日間連続でPerlやLinuxの講師をさせていただくことになりました。 昔から、自分は人にものを教える仕事は絶対向いていないと思い、教員免許をとることなど考えたこ…

平素よりアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。 全社研修による休業のお知らせです。 【休業期間】 2014年7月31日（木）12:00〜18:00 2014年8月1日（金）9:00〜18:00 【営業開始】 2014年8月4日(月)より通常営業 お問…

祇園祭を楽しんでおります。 私は宵々山と山鉾巡行に行って参りました。以下がそれぞれの様子です。 大学時代に福岡に住んでいたこともあり、「山×祭り」と聞くと、博多の祇園山笠の荒々しさをイメージしてしまうのですが、京都の祇園祭は、それとは対照的で…

7/23〜25にウインクあいち（名古屋市）で開催される 第16回 日本RNA学会に以下のポスターで参加してきます。 Validation of Allele-specific Expression Analysis procedure by RNA-seq テーマは「アレル特異的な発現解析」です。 定番の手順がなく、弊社で…

次世代シーケンサ解析では、リファレンスゲノムやbamファイルなど、サイズの大きなファイルを扱う必要があります。 大きなファイルには扱う前にインデックス（目次）を作成することがしばしばあります。多くのソフトはインデックスファイルがないと動きませ…

最近ネット上で「効き脳を調べる方法」が話題になっているようです。 ・両手を組んだ時にどちらの親指が下になるか ・両腕を組んだ時にどちらの腕が下になるか から、情報を入力する際と出力する際にどちらの脳が優勢かを当てるものだそうです。 手や腕の組…

今月でアメリエフ設立五周年を迎えました。 カツ弁当の仕出しを頼んで社員でおいしくいただきました。 （※食後） 今後ともどうぞアメリエフをよろしくお願いいたします。

hatです。 最近苔の魅力に開眼しました。 自宅で苔玉を作ったり植物の根元に苔を生やしたりし始めたのですが、いつも苔を見ていたいという思いが募り、苔（と小さな人）を入れた小さな瓶を作って机の上に置きました。 苔は二種類入っており、木のような形の…

私事ですが、今月に引っ越すことになりました。 引越し業者の選定、住民票の異動や、公共料金の解約・契約、各所での住所変更など、やるべきことが目白押しです。 思い返すと、この5年間で6回引っ越している私です。今回で7回目です。特に引越しが好きという…

平素よりアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。 全社研修による休業のお知らせです。 【休業期間】 2014年6月27日（金）9:00〜18:00 【営業開始】 2014年6月30日(月)より通常営業 お問い合わせにつきましては、6月30…

grepでは検索にヒットした行の前後の行を併せて表示することができます。 このようなファイルがあった場合に Humpty Dumpty sat on a wall, Humpty Dumpty had a great fall. All the King's horses, And all the King's men Couldn't put Humpty together a…

RNA-Seqを何度も実行している弊社の某社員が、先日 「bowtie、tophat、cufflinksの名前が紳士関連なのに気づいた」 と言っていたので「気づくの遅っ」と思ったのですが、 私には二十歳を過ぎてからサザエさんの登場人物名が海産物関係である ことに気付いた…

鴨川沿いの納涼床を初体験してきました。 暗くなるとまだ肌寒い時期だったので、凍えながら冷たいビールと食事を頂きました。納涼というより耐寒でした。梅雨が明けてもう少し暖かくなったら今度こそ納涼しに行きたいです！

平素よりアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。 メンテナンス作業による休業および営業日についてお知らせいたします。 【休業期間】 2014年5月30日（金）15:00〜18:00 【営業開始】 2014年は6月2日(月)より通常営業 …

ずっと以前から言われていることですが、長時間イスに座ることは体に悪いようです。一日６時間以上座っている人は、寿命が短くなるという研究結果もあります。 座ることのデメリットが想像以上で怖い これを受けてか、アメリカでは、数年前からスタンディン…

6月6日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。好評につきまして、東京/神戸会場でご紹介いたしました「フリーソフトではじめるRNA-seq解析入門」を福岡にて開催いたします。 《講師》 山口 昌雄 （アメリエフ株式会社 代表取締役社長）…

10年以上Linuxで仕事していますが、いまだに知らないコマンドが たくさんあります。 最近 yes というコマンドを知りました。 指定した文字列をひたすら出力し続けるコマンドです。 実行例です。 $ yes SPAM! SPAM! SPAM! SPAM! SPAM! SPAM! ： 止めるにはCtr…

バイオインフォマティクス・スクールのご案内です。 現在、下記の講座のお申込みを受付けております。 これからLinuxを用いたNGSデータ解析を行う方やバイオ研究にプログラミング言語「Perl」を使いたい方、統計解析パッケージ「R」を使った統計解析を短期間…