GATKは、BAMのフォーマットに厳しく（参照ページ）、たとえばヘッダにサンプル名を含むread groupのリストがあり、かつすべてのリードがそのread groupに属しているBAMしか受け付けません。 Read group（以下RG）は、たとえばBWAではマッピングのときに -R …