fastaフォーマットの配列行は、 FastX-toolkitのfasta_formatterを使うと、折り返す長さを変えることができます。お肌の曲がり角もコマンド一発で折り返しなしにできたらいいですね！（ちょっと何言ってるかわからない）

突然ですが、ゾンビが発生したらどうしますか？ 今年3月にアメリカ物理学会で発表されたシミュレーション結果によると、ゾンビが蔓延した時はひと気の少ないところに逃げるのが最も安全だそうです。 「ゾンビサバイバルガイド」でも、都市部は避けるべきだと…

ChemmineRの紹介記事2回目、前回はパッケージのインストールとSDFファイルの取得（読み込み）の方法をご紹介しました。 今回は、取得した読み込んだデータのアクセス方法と、SDFデータの確認方法をご紹介します。 前回は、CIDからgetIds関数で、またはSDFフ…

NCBI SRAからダウンロードしたファイルがsraフォーマットの場合、以下のコマンドでまとめてfastqに変換すると便利です。 $ find . -name '*.sra' -exec fastq-dump {} ¥; fastq-dumpについては NCBI SRA Toolkitの使い方 も、findコマンドについては findの-…

ChemmineRというパッケージの使い方をご紹介します。 オンラインでケモインフォマティクス解析を行えるChemMine ToolsというツールのRパッケージです。 ぱっと見て「けみなー」と読みましたが、もともとのツールがChemMineなので、「けむ・まいなー」と読む…

先日、社内でお昼を食べながら 「どうして遺伝子間領域にあるSNVより遺伝子上にあるSNVを気にするのか」という話をしていて、 渋谷の交差点で刃物を振り回したら大変なことになるけど、大砂漠の真ん中で振り回しても大した害はないでしょ？ とドヤ顔で説明し…

こんにちは、朝ごはんはパン派の久保（kubor）です。 みなさん、Perl書いてますか？ 文字列処理が得意なPerlの使いドコロといえば、FASTQファイルを処理したり、TSVファイルを処理したり、とにかくファイル操作が多いです。 Perlでは、ファイルハンドルの作…

五月になり、GWも終わって、世間の新歓ムードも落ち着いてきました。 自分が学生や新社会人だった頃を思い返すと、この時期はお酒を飲んでいろいろなもの（暴言や未消化の食物）を口から出していた思い出ばかりです。 そのような記憶を胆汁の味とともに苦々…

こんにちは、根は真面目な、久保（kubor）です。 みなさん、Vim使ってますか？ vimでファイルを編集し終わって、よし、保存しようと思い、 :w E45: 'readonly' オプションが設定されています (! を追加で上書き) 「ああああ、sudo vimしてない」てなことが結…

先日ご案内いたしました5月20日の講習会では、仮想環境を 事前インストールしていただくことでLinuxを体験しながら 受講することができます！ 環境構築に当たりまして、インストールの詳細な手順を記載している資料を補足情報としてご案内いたします。 こち…

5月20日に開かれるバイオインフォマティクス講習会のご案内です。 《内容》 アメリエフで提供している「トレーニング」をたくさんの方に知っていただくため、トレーニングを体験できる講習会を企画いたしました。 お手持ちのPC（Mac / Linux）でNGS 解析を始…