2015-08-01から1ヶ月間の記事一覧
Rで、ベクトルなどに含まれる重複した値をユニークにしたいとき、unique()を使用します。 > a [1] "AAA" "BBB" "CCC" "AAA" > unique(a) [1] "AAA" "BBB" "CCC" linuxコマンドの、隣り合っている重複行をユニークにするuniqコマンドとよく混同して、uniqと書…
解析結果を出力する際、複数の数値をコンマで結合して羅列したいことがあります。 例えばBEDフォーマットでは、エクソンの長さや開始位置を示すblockSizesやblockStartsには「468,69,147,159」や「0,608,1434,2245」のような値を入れることになっています。 …
こんにちは、まだ都営三田線に乗ったことがない久保（kubor）です。先日CentOS6.7がリリースされましたね。個人的に、Vim7.4に対応したのが嬉しいです。嬉しいので、VimのTipsを書かせてください。「Vimで不可視文字を表示させる方法」です。Vimに限らず、テ…
Bioconductorのseq2pathwayパッケージを使ってパスウェイのアノテーションを行います。 ※seq2pathwayのインストールはこちらの記事をご覧ください。 seq2pathwayパッケージに含まれているテストデータを使ってテストしてみましょう。 library(seq2pathway) d…
ChIP-seqやRIP-seqでピークが得られた後は、遺伝子をアノテーションしたり、それらの遺伝子がどんなパスウェイに関連するか調べたりしたいですね。 Bioconductorのパッケージseq2pathwayを使って、ゲノム領域に遺伝子をアノテーションしたり、遺伝子にパスウ…
昨年に引き続き、「平成27年度NGSハンズオン講習会」にて一部の講義でアメリエフ社員が講師を勤めさせていただいております。 この度、B日程（2015年8月26日(水)〜8月28日(金)の3日間）につきまして、追加で受講の申込を受付けることとなりましたので、お知…
アメリエフでは四半期ごとに社内研修を行います。 7月中に行事などが立て込んでいたため時期がずれ込んでしまいましたが、上半期が終わったので八月の頭に研修を行いました。 スイカを食べながら、これまでを振り返ったり、今後の見通しや予定の話しました。…
7月22日(水) から次世代シーケンサ(NGS)ハンズオン講習会が開催されています。 本講習会は、バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)の主催で、NGS解析を学びたい方を対象に行われており、弊社からは講師として2名、TAとして2名が参加しています。 今週…
バイオインフォには関係ないのですが、少しつまづいたことです。 ReactomePAを使っています。 hatさんがかかれた紹介記事では、enrichPathway()でエンリッチされているパスウェイを取得した結果を棒グラフに描画していますが、summary()することでデータフレ…
