アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

CITE-seq解析の紹介

ちょっと前にmiya-yさんがシングルセルATAC-seqについて記事を書いていたので便乗します。 CITE-seq解析について概要と関連ツールのご紹介。Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing 略してCITE-seqです。

第48回バイオインフォマティクス勉強会を開催しました

第48回バイオインフォマティクス勉強会を開催しました! 第一部のテーマは「NGSデータ解析ステップアップ勉強会」 第二部のテーマは「クラスタコンピューティングのバイオインフォへの応用」

Single Cell RNA-seq解析で使用されるプロトコルのご紹介

お久しぶりです。kimotonです。 今回はSingle Cell RNA-seq技術のうち、代表的なプロトコルについてご紹介します! レッツシングルセル!

ツールの出力をまとめてレポートに! MultiQC ②

前回に引き続きMultiQCの実装を行います。 必要環境 適当なブラウザ (Chrome, Firefox, Safari) 今回は仮想環境を入れて実装するのでOSは何でもよいです。 事前準備 minicondaを入れましょう。 詳しくはググりましょう。親切な方が紹介しています。 インスト…

ツールの出力をまとめてレポートに! MultiQC ①

kimotonです。 今回はMultiQCを紹介します。 その名の通りマルチなQCツールです。 論文はこちら マルチなQCツールなんて言いましたが、要するにバイオインフォマティクス系ツールの結果ファイル、ログファイルをまとめていい感じにレポートにしてくれるツー…

globでパスのリストを取得

kimotonです。 RのカテゴリーはあるのにPythonのカテゴリーないのですね、、勝手に作りました。 パスの取得は、パイプライン開発なんかの際によく必要になります。 Pythonの標準ライブラリglob を使えば、正規表現を使ってパスのリストが取得できちゃいます…

CRANって。。

kimoton です。 皆様休日は何をされてますかね。 わたくしkimoton、最近料理をしているのですが、書店でこのようなものを見つけてしまいました。 週末2時間で作れる! 1週間分のおかず (ei cooking)作者: 結城寿美江,ei cooking編集部出版社/メーカー: エイ出…

新入社員のkimotonです。

初めまして。2018年度4月新卒入社のkimotonと申します。 実は私、1年半前からアメリエフでインターンとして働いておりました。 この度、正式にアメリエフへ入社することとなりましたので、簡単に自己紹介をさせていただきます。 大学ではノーベル賞で話題と…

2017年10月度 2019新卒&インターン採用説明会を行いました!

ご無沙汰してます、アメリエフでインターンをさせて頂いているkimotonです。 10月26日、2019新卒&インターン採用説明会を行いました! またまた記事を書かせていただけるということで、嬉しい限りです。 私が同様のイベントに参加して、インターンとして働…