アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

Windows同志のための:Macでコマンドライン環境を使う

こんにちは。Windowsユーザの筆者です。今週のお題「オンライン」にのっかって、初めてMacPCからサーバにssh接続するまでの思い出話。

成人式!

新成人の皆様へ

RでXMLパッケージがインストールできない時の意外な落とし穴

R環境だけで解決する問題ではなかったんです。

非バイオ系出身者向け!ゲノム解析の前提知識が身に着くサイト3選

これまで生物学に馴染みのなかった方が、バイオインフォマティクスの前提知識を身に着けられるサイトをご紹介します。さあ貴方もバイオインフォの世界へ!

ナノポア現場の会2019に参加しました

昨今と未来のロングリード情勢について少々

シングルセルATAC-seq解析を始めよう

クロマチンアクセシビリティを細胞レベルで明らかにする、今をときめくシングルセルATAC-seq。現在どんなDRY解析が行われているのでしょうか?

海外からインターン生が来てくれました!

6月から8月初めまで、アメリカからインターン生が来てくれていました。 短期間で様々な仕事をこなし、大いにスキルアップして、この度インターン期間を無事終えた彼女に、感想を伺いました!

データ解析でほっこりした話

古くからの友達に久々に会うと嬉しくなりますね。 地元の幼馴染、高校の友達、サークル仲間、そして人類の太古からのお友達であるミトコンドリア。 DRY解析だけやっていると絵や写真でしか会えない彼ですが、最近、その解析中に会えたのです。 「?????…

ファイル内容の一字一句完全一致を一瞬でチェック

ネットから変異データベースなどの大容量ファイルをダウンロードした時や、HDDからデータを移動した時、データ破損なくダウンロードできているか不安になりませんか? あるいは、書き換えがあっては困るデータに対して、経時的に何回も改変有無をチェックし…

less一回で複数のファイルを開く

こんにちは。lessのオプションの連載をしている人、miyatakeyです。 いやあ、便利ですから。どんどん活用していきましょう。 とはいえ今回ご紹介するのは、これまでのようなコマンドラインオプションとは異なります。 less自体の便利機能のご紹介です。 皆さ…

less画面上での文字列検索を楽に ~大文字小文字を区別させない~

lessで開いたファイル内での特定文字列(ex. hoge)の検索は、' /hoge 'と打てば可能です。 便利なのですが、queryの大文字小文字がきっちり区別されてしまうことには少々不便さを感じていました。 例えば、アノテーション情報付きVCFから特定データベース由…

less画面をすっきり見やすく

バイオインフォマティクス業界に飛び込んでもうすぐ3カ月のmiyatakeyです。最近大いに思うことがあります。 VCF等をlessで見る時、画面端で行が折り返されて見にくい。INFO列は親の仇。 見やすくできないかと思い調べてみました。lessのオプションで解決です…

東京バイオベンチャーズ主催「2019年新卒&インターン学生MeetUp_vol.2」に参加しました!

こんにちは、miyatakeyです。 去る5/29、「 IT x バイオ」を掲げるベンチャー5社と学生さんとの出会いイベント、東京バイオベンチャーズ主催「2019年新卒&インターン学生MeetUp vol.2」に参加しました。 前半は企業からの情報提供のターン。各社代表により…

データ解析プログラムが本当に稼働しているか、リアルタイム監視したい

ゲノムの解析においては、snpEffによるannotateなど時間のかかる計算というのがしばしばでてきます。その最中、プログラムが本当に走ってくれているかリアルタイムに監視したい、ということがままあります。topコマンドをはじめプロセス監視用コマンドは数種…

カーソルキーからの卒業~コピペを添えて~【ショートカットキー】

入社し日常的にlinuxを使い始めて1カ月半が経ちました、miyatakeyです。 目下の目標は「カーソルキーからの卒業」です。コマンドラインやvimで、カーソル移動にはついカーソルキーを触ってしまいます。ですが一行が長いことはざらですから、効率アップにショ…

お手軽!「上手い文章」お役立ち本

こんにちは。「自分の知識や主張を、知らない人に説明する」ということに学生時代から四苦八苦しているmiyatakeyです。 極めようとすれば一生モノのこのテーマ、お悩みの方は多いのではないでしょうか。 今回はそんな人々で上達法を共有すべく、私の思うお役…

就活生の方へ ~馬の合う会社で働く~

こんにちは、miyatakeyです。 この時期、街では就活生の方をよく見かけます。私も去年は就活中でした。 そこで今回はそんな方々宛てに、私が就活を経た今感じる、会社選びについてのお話をしたいと思います。ご参考までに。 さて、突然ですが皆さん、良い会…

2018新卒社員のmiyatakeyです

はじめまして!2018年4月に入社しました、miyatakeyです。 生まれも育ちも東京ですが、ゼロ歳から毎年家族旅行している長崎を第二の故郷に思っています。 好きなことは料理と気まま散歩で、和菓子に目がありません。 大学での専門は細胞生物学です。植物(シ…