システム
こんにちは。Kitanoです。 突然ですが、皆さんは「CentOSにおける2TBの壁」というものをご存知でしょうか？ これは、サーバ構築時やfdiskコマンドによるパーティション作成の際に、2TB以上のパーティションの作成ができないという問題を示した言葉です。 つ…
ソフトウェアによっては、実行時に非常に詳細なログをずらーっと出力してくれます。 なぜか解析がうまくいかないときなど、解析時の実行内容を確認するため、このログを後から見返すと役に立つことも度々あります。 しかし、ログを流しっぱなしにしては、後…
grepでは検索にヒットした行の前後の行を併せて表示することができます。 このようなファイルがあった場合に Humpty Dumpty sat on a wall, Humpty Dumpty had a great fall. All the King's horses, And all the King's men Couldn't put Humpty together a…
10年以上Linuxで仕事していますが、いまだに知らないコマンドが たくさんあります。 最近 yes というコマンドを知りました。 指定した文字列をひたすら出力し続けるコマンドです。 実行例です。 $ yes SPAM! SPAM! SPAM! SPAM! SPAM! SPAM! ： 止めるにはCtr…
先日、数年ぶりに同い年の従兄弟に会いました。彼は正規表現の研究をしています。具体的にどんな研究をしているのか想像できないのですが、日頃からお世話になっている技術なので、お礼を言っておきました。 ということで、正規表現を使って、数値を3ケタの…
あるディレクトリに含まれているファイルのサイズを知りたい場合に、「du」というコマンドを使います。 $ du このコマンドを実行するとカレントディレクトリ以下の全ディレクトリのファイルのサイズを再帰的に、つまり一番深い階層のディレクトリまで全部表…
Linux上でファイルをコピーする際に、「cp」というコマンドを使用します。 $ cp hoge.txt ../ このコマンドでは hoge.txt を一つ上の階層のディレクトリにコピーしていますね。またディレクトリをコピーする際は、以下のオプションを付けます。 $ cp -r hoge…
ディレクトリ内のファイル数をカウントしたいことがありますが、大量のファイルが存在する場合、一つ一つ数えるのはとても面倒です。 そんなときは以下のコマンドを試してください。 $ find ./ -type f | wc -l 25 カレントディレクトリ以下に存在するファイ…
Linux上でファイルを検索する場合は以下のコマンドを使用します。 $ find /home -name hoge.txt このコマンドでは、/home ディレクトリ以下で hoge.txt を検索します。ファイル名の一部しかわかっていない時は、以下のようにワイルドカードを使用できます。 …
Linux上でファイルの一覧を取得する際のコマンドである、「ls」にはいろんなオプションがあります。 例えば、以下のオプションでは、日付や権限も分かるリスト形式でファイルの一覧を取得できます。 $ ls -l ところで、通常の「ls -l」では更新時間の最小単…
recursive：再帰的なという英語があります。 再帰というのは説明が難しいのですが、wikipediaによると「あるものについて記述する際に、記述しているものそれ自身への参照が、その記述中にあらわれることをいう」のだそうです。 わかりませんね。 「Aについ…
Linuxのコマンドで $ ls -l というのがあります。このコマンドを実行すると、ファイルとディレクトリの一覧をアルファベット順で取得できます。ですがファイルの更新日時順に並べたい時も結構あります。そんな時には以下のオプションを使ってみましょう！ $ …
Pythonでグラフを書こう、の第３回です。 前回の記事では、matplotlibを使用して円グラフを描いてみました。今回はそのプログラムのソースを見ていきたいと思います。 前回の記事でダウンロードした pie_chart.py をテキストエディタなどで開くと以下のよう…
Pythonでグラフを書こう、の第２回です。 前回の記事では、グラフの描画パッケージであるmatplotlibのインストールを行いました。今回は、簡単なグラフを書いてみたいと思います。 matplotlibのウェブサイトには豊富なexampleが表示されていまして、任意のグ…
「nice」コマンドは、プロセスの優先順位を設定するコマンドです。 プロセスの優先度(ナイス値)を-20〜19の整数で決めます。-20が最優先で、数が大きくなるほど（19に近くなるほど）優先度が低くなります。 複数のジョブのうち特に急ぎのものがある場合、よ…
楽しくコマンドを覚える・１ 楽しくコマンドを覚える・２ 楽しくコマンドを覚える・３ 楽しくコマンドを覚える・４ 楽しくコマンドを覚える・５ 突然ですが、選択の積み重ねこそが人生なのではないでしょうか。 かつ丼が好きだけどカレーライスも好きだ！ で…
バイオインフォマティクスの分野に限らず、様々な数値データをグラフで可視化したいという要望はよくあります。手作業でよければエクセル等の表計算ソフトを利用する事もできますが、グラフの描画を自動化したい場合はどうすればいいのでしょうか。 そこで、…
楽しくコマンドを覚える・１ 楽しくコマンドを覚える・２ 楽しくコマンドを覚える・３ 楽しくコマンドを覚える・４ suは別のユーザになるコマンドです。 $ su 別のユーザ のように実行します。 そのユーザのパスワードを聞かれますので入力してください。 パ…
Linuxコマンドの機能を楽しく覚えるシリーズです。 今回は「ssh」コマンドです。これは、リモートマシンへのログインやコマンド実行をするためのコマンドです。クライアントとリモートマシンの通信データが暗号化されるので、インターネット経由でも比較的安…
ファイルの各行を並び替えるにはsortコマンドを使います。 sortコマンドにはオプションがたくさんあります。 例えば、-nで数値としてソートしたり、-rで逆順にしたり、 -kで並び替えに使う列を指定したりできます。 また、大きいファイルをソートして途中で…
hatさんの「wc」コマンドに引き続き、「chown」コマンドの覚え方です。 「chown」はファイルやディレクトリの所有者を変更するLinuxコマンドです。次のように使います。 $ chown user:group FILE これで、FILEの所有者と所属グループが変更されます。 chown…
「遺伝的アルゴリズム（以後GA）」とは、生物の進化を模倣した最適化アルゴリズムです。 「無数のルートの中から近道を探す」というような問題のように、複数の選択肢の中から最適なもの（解）を選択したいときがあります。そんなときは、最適化アルゴリズム…
「wc」はファイルの行数、単語数、バイト数を表示するコマンドです。 次のように使います。 $ wc FILE 12 27 176 FILE 実行してはみたものの、どれが行数でどれが単語数かわからなく なることはありませんか？ありますね！ あるいは、3つ目の数字が何を示す…
夏の風物詩の一つと言えば「西瓜わり」ですが、 西瓜に向かっている人に、どのような指示を出しますか？ 「（そこから）まっすぐ前」「ちょっと右」のように 今いる場所からどちらに向かえばいいかを伝えると思います。 「北緯36度東経140度に移動してくださ…
暑い夏が続きますが、皆様いかがお過ごしでしょうか。 こう暑い日が続くと心配になるのは熱中症ですね。 人はもちろんペットなども熱中症には要注意です。そして、それ以外にも熱に弱いものがあります。そう、パソコンやサーバーです。 冷房の効いた涼しい部…
hatです。 久しぶりにftpをコマンドラインから使う機会があり 終了コマンドがわからなくて調べたら「bye」でした。 「bye」はかっこいいなあと思いまして、 他のコマンドやプログラミング言語についても 終了コマンドを整理してみました。 exit派 ・Windows…
サーバー間で、データをやり取りするときによく使用するコマンドにscpがあります。 便利なコマンドなので、私も良く利用するのですが、コピーしている途中で転送速度が急激に低下し stalled という表記と共に、コピーがストップすることがあります。 原因と…
「入力行をランダムに並び替えて出力する」 shufというコマンドがあることを知りました。 早速試してみました。 こんなファイルを作りました。 $ more urashima.txt むかしむかし うらしまは たすけたかめに つれられて りゅうぐうじょうへ きてみれば えに…
Linuxで作業をしていると、ファイルの改行コードやタブがどこに含まれているかを確認したい時があります。 そのような時に、私は od -c コマンドをよく使います。 例えば、以下のようなファイル hoge があったとしましょう。 $ less hoge hoge moge moge piy…
ShellスクリプトとPerlスクリプトを書く機会が同じくらいあるので、 しばしば文法が混乱します。 面倒くさいのが、Shellでやろうと思って書きかけた処理を 途中で「やっぱりPerlにしよう」とPerlに書き直すときで、 変数が最初に出てきたときから頭に「$」が…
