第68回米国人類遺伝学会（ASHG）年次学術集会に、代表取締役 山口が参加いたします。 詳しくはこちらをご覧ください amelieff.jp
第47回バイオインフォマティクス勉強会「データベース使用法＆データ解析自動化 事始め@東京」を開催いたします。 皆様のご参加をお待ちしております！ 詳細とお申し込みはこちらをご覧ください amelieff.jp
アメリエフのインターン体験談第２弾をお届けします！ 詳細は下記の記事をご覧ください。 www.wantedly.com
日本マイクロソフトのヘルスケアクラウド賛同パートナーとして発表されました！ 詳細は下記の記事をご覧ください。 amelieff.jp
アメリエフではインターン生を募集しています！ お蔭様でこれまで、たくさんの学生さんがインターンに参加してくださっています。そこで今回は、アメリエフでのインターン体験談をお届けします！ 詳細は下記の記事をご覧ください。 www.wantedly.com
東京都港区、新人OLさんからのお便りです。 こんにちは。いつも楽しくブログよんでいます。 Cufflinksというソフトウェアの、解析にかかる時間と最大メモリを調べたいのですが、簡単なコマンドはありませんか？ これからもがんばってください。 こんにちは。…
Rに読み込んだVCFに、アノテーションを付加しましょう。 staffblog.amelieff.jp VariantAnnotationの公式説明書はこちらです。 アノテーションの付加には、Bioconducterのアノテーションデータパッケージを利用します。 パッケージ一覧はこちらから見られま…
自社開発製品の遺伝子検査支援システム「AmeliCure（アメリキュア）」について、商標登録が完了しましたのでお知らせいたします。 詳細は下記の記事をご覧ください。 amelieff.jp
2018年9月3日から４日間開催されるICCサミットKYOTOにて、3日目の9月5日にアメリエフ株式会社代表取締役社長の山口が登壇します。 詳細は下記の記事をご覧ください。 http://amelieff.jp/180831/ amelieff.jp
アメリエフでは今年6月より「博士号取得支援」制度を開始いたしました！ 詳細は下記の記事をご覧ください。 www.wantedly.com
はじめに どうもおひさしぶりです。misawatです。 いつの間にか「取締役 CTO」になってました。 僕のCTOとしての初業務は・・・、 CTOってなに？ってのをググることでした！ そんなこんなで、ガラリと仕事内容も変わっ・・・てない。 解析はやってるけど、仕…
こんにちは。lessのオプションの連載をしている人、miyatakeyです。 いやあ、便利ですから。どんどん活用していきましょう。 とはいえ今回ご紹介するのは、これまでのようなコマンドラインオプションとは異なります。 less自体の便利機能のご紹介です。 皆さ…
こんにちは、hr-kです。今回はpythonで多用する「辞書(dict)型」の使い方を簡単にご紹介します。 pythonで辞書は以下の形で定義できます。 # {key1:value1, key2:value2, ...} >>> test = {'A': 'Archaeology', 'C': 'Cosmology', 'G': 'Geology', 'T': 'Top…
「就活アウトロー採用2018」という面白い採用イベントに、弊社の代表山口とCTO三澤が参加しました！ 詳細は下記の記事をご覧ください。 www.wantedly.com
VCF(Variant Call Format)をRで読みましょう！ Rパッケージ "VariantAnnotation" をご紹介します。 VariantAnnotationはVCFを読み込み、更にアノテーションパッケージを利用してアノテーションを付与することが可能です。 列の分類やPOS表記に少しクセがあり…
2012年に東北メディカル・メガバンク計画が開始され、岩手医科大学いわて東北メディカル・メガバンク機構（IMM）および東北大学東北メディカル・メガバンク機構の連携により、2017年3月に宮城県、岩手県の15万人を対象とした国内最大のゲノムコホートが構築…
創立記念ランチ会 おかげ様で、7月1日でアメリエフは創立9周年を迎えることができました。 毎年、普段はなかなか食べられない「うな重」を社員で囲み、英気を養っています。 今年は暑さが続いているので、アイスクリームも出ました！写真は9周年の「９」を手…
こんにちは、hr-kです。今回はcronを用いたコマンドの定期実行について書いていきます。 「毎週このサーバの容量のログをとりたい」、「10分置きにこのコマンドを実行したい」ということがよくあります。 こんなとき、よく使われるのがcronと言うシステムで…
こんにちは。 VCF（variant call format）ファイルにおける、性染色体のgenotype表記についてご紹介します。 下に、VCFの例を示します。father、つまり男性の情報を見てみます。 fatherの列の左端に、それぞれの変異のGT（genotype、遺伝型）が載っています…
lessで開いたファイル内での特定文字列（ex. hoge）の検索は、' /hoge 'と打てば可能です。 便利なのですが、queryの大文字小文字がきっちり区別されてしまうことには少々不便さを感じていました。 例えば、アノテーション情報付きVCFから特定データベース由…
コマンドラインで使えるテキストエディタ、 vim 。 使い方は色々なWebサイトや本でも学ぶことができますが、お手軽なチュートリアルが、コマンドライン上にも存在します。 それが vimtutor 。 コマンドライン上に、vimの使い方が表示され、 実際に表示された…
こんにちは、hr-kです。今回はpythonで、同じ関数を使い倒す時に、より早く計算する手法をご紹介します。 pythonで以下のようなコード(test.py)を書くとします。 import time def test(text): # なんか重たい処理 texts = '' for i in range(1000): texts = …
弊社が販売しておりますソフトウェア「QMergepy」のご紹介です。 「QMergepy」は、以下の機能を備えたソフトウェアです。 VCFファイルの統合 データベースのアノテーション タブ区切りテキストファイルに出力 これが こうなる → QMergepy → タブ区切りテキス…
前回に引き続きMultiQCの実装を行います。 必要環境 適当なブラウザ (Chrome, Firefox, Safari) 今回は仮想環境を入れて実装するのでOSは何でもよいです。 事前準備 minicondaを入れましょう。 詳しくはググりましょう。親切な方が紹介しています。 インスト…
こんにちは、hr-kです。今回は先日参加させてもらったベンチャーピッチイベントについて書きたいと思います。 ベンチャーピッチイベントは株式会社リバネスさんの１６周年記念と同時に行われたイベントです。 リバネスさんが支援する様々なベンチャー企業が…
パソコン苦手な人の「何もしてないんですけどぉ」は、絶対何かしてる ーーコンピューターの不具合あるある よく聞きますね。 ついに自分でもやってしまった新入社員です。 エラー対処の試行錯誤を少しでも減らせればと思い、対策をブログに書いておきます。 …
バイオインフォマティクス業界に飛び込んでもうすぐ3カ月のmiyatakeyです。最近大いに思うことがあります。 VCF等をlessで見る時、画面端で行が折り返されて見にくい。INFO列は親の仇。 見やすくできないかと思い調べてみました。lessのオプションで解決です…
kimotonです。 今回はMultiQCを紹介します。 その名の通りマルチなQCツールです。 論文はこちら マルチなQCツールなんて言いましたが、要するにバイオインフォマティクス系ツールの結果ファイル、ログファイルをまとめていい感じにレポートにしてくれるツー…
こんにちは、hr-kです。今回はデータの移行を行う際によく使われている便利なコマンドをご紹介します。 サーバ間でのデータ移行やバックアップを取るときによく使われるコマンドがrsyncというコマンドです。 使い方は $ rsync 同期元 同期先 としてファイル…
こんにちは。新入社員のFukuです。 アメリエフでPythonを使うんだよ、と情報系でない人に話すと、「水牛？」といわれます。ニシキヘビです。 さて、Python（ニシキヘビ）& インフォマティクス な論文をひとつご紹介します。 Genomewide Analysis of the Anti…
