アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

Dockerfileを用いた初期設定:ユーザ追加

Dockerfileを用いたdockerイメージ生成、およびdockerイメージに対する設定をします。題材として、CentOS7のdockerコンテナにユーザを追加してみます。

【レポート】高校3年生から修士1年生対象 「課題解決型バイオインフォマティクス講座」を開催しました!

6月27日(土)に開催したイベントレポートです。当日は、高校生の方や海外の学生の方まで、50名ほどの方にご参加いただきました! 記事はこちらからご覧いただけます www.wantedly.com

Trinityを使った de novo transcriptome assembly + 発現比較

Trinityは de novo transcriptomeアセンブリングツールです。ここまでは有名(?)ですが、アセンブリ済みデータをリファレンスとして利用して、RNA-seqのマッピングや発現比較まで出来ちゃいます。

【役員対談】Bioinformatics×Society5.0 情報社会の次の社会とは?

Society 5.0時代にアメリエフが目指すこと、について役員対談をおこないました。 ご興味があれば、是非ご一読ください。 記事はこちらからご覧いただけます www.wantedly.com

Macでターミナルとマウスを適度に使う 小技Best3

MacPCをターミナルのコマンド(bash)とマウスを組み合わせて操る、一流仕事術! (by "一流のほにゃほにゃ"がマイブームのブログ管理人 )

サーバへのログインを手軽に!【.ssh/config】

サーバへのログインって、ユーザー名指定して、IPアドレス指定して...ってめんどくさくないですか??そういう時は、.ssh/configを使いましょう😊 所要時間は3分⏱

joinコマンドで少し手間取った話

複数テキストファイル(表データ)をLinuxのjoinコマンドで連結する。おちいりやすい間違いとその対処も。

見積書を発行するまでの工程を大公開〜ラブレターのつくりかた〜

オーダーメイド性の高いサービスを提供しているアメリエフでは、見積書の発行までに多くの手間をかけています。いつも心に「顧客が求めていることはなんなのか」ーープロによる仕事を大公開!

Rのpchの種類

グラフのマーカーの色と形、使いこなしてみましょう

ディスプレイとノートPCの接触を良くするたった一つの方法

ディスプレイとノートPCの接触が悪かったとき。ありとあらゆるケーブルを挿し直して検証した結果・・・

【プレスリリース】高校3年生から修士1年生を対象に 「課題解決型バイオインフォマティクス講座」を開始!

課題解決型バイオインフォマティクス講座 アメリエフは、高校3年生から修士1年生を対象に「課題解決型バイオインフォマティクス講座」を、6月27日に開講いたします。 第1回目のテーマは「個別化予防・医療のための遺伝子解析超入門 -遺伝子から個人の体質…

FileZillaの紹介/ファイルを正しいアプリで開く

「PNGをテキストエディタで開けるわけないでしょ!」 サーバとPC間でファイル転送する便利なアプリ"FileZilla" 簡単な紹介 と、筆者が遭遇した謎エラーの回避策。

docker超入門

dockerを使うと自分のサーバやPC内に独立した仮想環境を作ることができます。 起動やファイル移動などの使い方を簡単に紹介します。

5月7日は「博士の日」- 博士号取得支援制度を利用してみての体験談!

アメリエフでは、2年前より「博士号取得支援」制度がスタートしました! 5月7日の「博士の日」にかけまして、博士号取得支援制度を利用しているメンバーにインタビューしてみました! 記事はこちらからご覧いただけます www.wantedly.com

読みやすいPythonコーディングを心がける

コーディング規約に従って、誰でも読みやすく理解しやすい、美しいコードを書きたい...!今日は、Pythonのコーディング規約「PEP8」について学びます👀💡

バイオインフォマティクス オンライン・トレーニングサービスを開始しました!

昨今の世界情勢を受け、多数ご要望を頂いておりました、オンライン・トレーニングサービスをスタートしました! amelieff.jp ビデオ会議システムを使って講義しますので、従来の訪問型トレーニングと同様、ご質問にその場でお答えしながら進めることができま…

16S rRNAってRNAなの?

メタゲノム解析でよく聞く16S リボソームRNAについて

簡単♪環境構築② Reseq環境を作ってみる編

Anaconda, Reseq, 環境構築

簡単♪環境構築① 入門編

AnacondaでYAMLファイルを使った簡単解析環境構築!YAMLファイルを解析環境の設計図のように用いて、複数のツールやパッケージを自動的にインストールできます。

misawatの「適度にGASを使う」③

誰にも求められていn・・・ゲフンゲフン 。大好評を頂いている「適度にGASを使う」シリーズ第三段です。 関数を分けて書こう!の回。

reseq 解析超入門

「〇〇解析とは」シリーズ1。reseq解析 は、DNAの変異検出を目的とした解析です

【新入社員テレワークインタビュー第二弾】持ち前の「探求心」を活かして、研究者がより研究に集中できるシステムを作りたい!

アメリエフでは、この4月より新入社員として2名の方を迎えました。そこで今回は、入社されるまでの経緯やこれからやってみたいことなど、意気込みをインタビューしました! 記事はこちらからご覧いただけます www.wantedly.com

macとlinuxのcatで不可視文字の確認

macOSのコマンドラインはLinuxのコマンドとよく似ており、割と気軽に操作を行うことが可能です。ですが、ちょっとしたコマンドがなかったり、オプションが違ったりします。先日、"cat"コマンドを使って不可視文字を確認するときに戸惑ったのでご紹介します。

簡単にコマンドの実行ログをファイルに記録する方法

Linuxコマンドの勉強を始めたばかりの方必見!コマンドの入力履歴や実行結果を、簡単にファイルへ出力する方法を2つ紹介いたします!

【新入社員テレワークインタビュー第一弾】コンサルティングやデータ解析へのアドバイスに、自分の経験を活かしていきたい!

アメリエフでは、この4月より新入社員として2名の方を迎えました。そこで今回は、入社されるまでの経緯やこれからやってみたいことなど、意気込みをインタビューしました! 記事はこちらからご覧いただけます www.wantedly.com

遺伝子シンボルから遺伝子領域ファイル(BED)生成

「あれ?この遺伝子どこにあったっけ?」 遺伝子アノテーションソフト"SnpEff"の隠れた名機能、遺伝子シンボル ⇨ BED の変換について!

2020年度新卒入社しましたiijm-lです。

初めまして! 2020年の春に入社しました、iijm-lと申します。

2020年新入社員のh--ishiです

アメリエフ新入社員自己紹介(2020)

pca, tsne, umapの座標を書き出す

シングルセルRNA解析ソフトSeuratで、UMAP, tSNEなどのX, Y座標を取り出す方法です。書き出せばLoupe Browserなど他のソフトでも使えるようになります。

Windows同志のための:Macでコマンドライン環境を使う

こんにちは。Windowsユーザの筆者です。今週のお題「オンライン」にのっかって、初めてMacPCからサーバにssh接続するまでの思い出話。