前回は、Primer3を用いて
複数のプライマー設計を一気に行いました。
条件を設定するだけで、
自動的に、
配列情報を探して
Primer3にかけて
結果から必要な情報だけを取り出して
一覧表にしてくれる。
そんなツールを作れないだろうかと考えています。
ゲノムワイド連鎖解析やゲノムワイド関連解析(GWAS)によって
検出された特定の領域あるいは関連が予想される遺伝子の
SNPを網羅的に解析したりシーケンシングするときに、
webページを開いて、
SNP名(rs ID)の一覧を入力して条件を設定すると、
Primerが設計されて一覧が出来上がる
というイメージです。
SNP名だけでなく、
位置情報からもプライマー設計できたり、
ある領域を網羅的に解析するための
連続的な(contiguous)なプライマー設計もできるように
ツールを開発しています。
他にもアイデアがございましたら、
是非お聞かせください。
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