今日は、フリーのSNP統計解析ソフトPLINKを使用してQTL解析を行いたいと思います！
PLINKのDownloadページからプログラムをダウンロードします。
tutorialに従って一通りの作業していくと、
徐々に使い方が分かってきました。
では、さっそく解析の準備を始めたいと思います。
QTL解析の下準備として、以下の３種類のファイルを作成します。
１．PEDファイル
２．MAPファイル
３．phenotypeファイル
１．PEDファイル作成
拡張子を「.ped」で設定します。
縦にサンプル情報、横にSNPごとのGenotypeが並ぶファイルです。
カラム数は７つで
Family ID
Individual ID
Paternal ID
Maternal ID
SEX
affection status
Genotype
血縁関係にないサンプルの場合には、
Family ID = サンプル名
Individual ID = 1
Paternal ID = 0
Maternal ID = 0
と、設定して良いようです。
２．MAPファイル作成
拡張子を「.map」で設定します。
SNP一覧のファイルです。
カラム数は４つで
Chrmosome
SNP identifier
Genetic distance
Base-Pair position
３．phenoファイルの作成
拡張子を「.phe」で設定します。
カラム数は３つで
Family ID
Individual ID
Phenotype
Phenotypeカラムには、臨床情報などを入力します。
次回は、実際の解析をイメージしながら実行していきます。
【参考】
・PLINK
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/index.shtml
